| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,259 | 0 | C | A | 21.8% | 100.7 / 24.9 | 55 | intergenic (+263/‑320) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/25); new base A (6/6); total (24/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.34e-01 | |||||||||||
CCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT > NC_007790/1162‑1358 | cccTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGa > 1:4824290/1‑100 (MQ=255) tGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATaaga > 1:1896749/1‑98 (MQ=255) ttGCCTGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGc > 1:3377329/1‑100 (MQ=255) ttGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGc > 1:4571345/1‑100 (MQ=255) ctGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGc > 1:3893652/2‑100 (MQ=255) tGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGcc > 1:4698578/1‑100 (MQ=255) tGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGcc > 1:1838983/1‑100 (MQ=255) tGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGcc > 1:3789201/1‑100 (MQ=255) tGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGcc > 1:2413220/1‑100 (MQ=255) gCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGccc > 1:4601414/1‑100 (MQ=255) aGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGTTAAAAAACGCCCTGc < 1:4875324/100‑1 (MQ=255) aGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGc < 1:881905/100‑1 (MQ=255) aGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGc < 1:5705968/100‑1 (MQ=255) gatcTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGcc < 1:3898845/97‑2 (MQ=255) gatcTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCa < 1:4034201/97‑1 (MQ=255) gACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCa < 1:1360217/100‑1 (MQ=255) ccTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAgg < 1:5620708/100‑1 (MQ=255) ccTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAgg < 1:5327700/100‑1 (MQ=255) cTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAggc < 1:1827726/100‑2 (MQ=255) tATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGag < 1:3582634/100‑2 (MQ=255) tATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAggca < 1:3294638/100‑3 (MQ=255) cATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATACTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAAttt < 1:3833815/100‑1 (MQ=255) cATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAAttt < 1:2606118/100‑1 (MQ=255) ctttGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAGAAGCCCTGCAGGAATTTCGa > 1:3351697/2‑100 (MQ=255) tGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGaaaa > 1:5032513/1‑100 (MQ=255) acaTAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAt > 1:2972342/3‑100 (MQ=255) gctcttccgatctcCTTA‑GCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAtgt < 1:4598546/90‑1 (MQ=255) aTAGCAAATTCTCCTTATTCTCTTTCCTCTTTTTTTCATCGGAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAtgt < 1:191030/100‑1 (MQ=255) aTAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAtgt < 1:5435128/100‑1 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTATAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGCgg > 1:4628032/1‑100 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg < 1:4501576/100‑1 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg > 1:2604232/1‑100 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg > 1:206121/1‑100 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg < 1:5846947/100‑1 (MQ=255) gCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGa < 1:2166846/100‑1 (MQ=255) cttCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCATGCAGGAATTTAGAAAAACAtgaagatcgg > 1:3146462/2‑92 (MQ=255) atctcccTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACACGGGGAAgat > 1:454737/6‑98 (MQ=255) cccTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTaa > 1:529199/2‑100 (MQ=255) ccTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTaaa > 1:4999/1‑100 (MQ=255) ccTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTaaa > 1:2234740/1‑100 (MQ=255) tATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAgta > 1:613103/1‑98 (MQ=255) tGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTAtt < 1:443702/100‑1 (MQ=255) ctTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCGTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTAt > 1:1673216/1‑100 (MQ=255) tACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGc > 1:5181457/1‑100 (MQ=255) aCGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCt < 1:2884971/100‑1 (MQ=255) gatctattttAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTa < 1:4265745/94‑1 (MQ=255) atctgTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTa < 1:3848789/96‑1 (MQ=255) tcttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATgg > 1:2629422/6‑100 (MQ=255) tcttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATgg > 1:5006181/6‑100 (MQ=255) cttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATggg > 1:2146168/5‑100 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATggga < 1:2175698/97‑2 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:787727/97‑1 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:981042/97‑1 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:3638275/97‑1 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:374585/97‑1 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:4456688/97‑1 (MQ=255) tgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAGGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCa > 1:4580495/3‑100 (MQ=255) tgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCa < 1:655722/98‑1 (MQ=255) tctctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:1137514/98‑1 (MQ=255) gatcttGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:1533194/98‑1 (MQ=255) gatctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:2745094/98‑1 (MQ=255) gatctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:93756/98‑1 (MQ=255) gatctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:6066682/98‑1 (MQ=255) attCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:2041515/100‑1 (MQ=255) attCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:1751886/100‑1 (MQ=255) attCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:318087/100‑1 (MQ=255) attCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:5554530/100‑1 (MQ=255) attCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:4229313/100‑1 (MQ=255) attCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:2553698/100‑1 (MQ=255) attCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:483517/100‑1 (MQ=255) ttCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCa < 1:1650173/100‑1 (MQ=255) tcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:1776373/100‑1 (MQ=255) tctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCat < 1:4906180/100‑2 (MQ=255) tctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAg < 1:5397318/100‑1 (MQ=255) tctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAg < 1:1754671/100‑1 (MQ=255) ctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:2307426/100‑1 (MQ=255) ctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgc < 1:4066589/100‑2 (MQ=255) ctcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAga < 1:1792126/100‑2 (MQ=255) tcGATTTTTGATAAAGAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgtg < 1:5264200/100‑1 (MQ=255) tcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgat < 1:490255/100‑3 (MQ=255) cGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgtgt < 1:3066617/100‑1 (MQ=255) cGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAgtgt < 1:1560871/100‑1 (MQ=255) | CCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTTAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT > NC_007790/1162‑1358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |