| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,022,293 | 2 bp→TA | intergenic (+170/‑100) | SAUSA300_RS05005 → / → SAUSA300_RS05010 | CAAX amino protease/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,022,293 | 0 | G | T | 100.0% | 69.3 / NA | 26 | intergenic (+170/‑101) | SAUSA300_RS05005/SAUSA300_RS05010 | CAAX amino protease/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (5/21); total (5/21) | |||||||||||
| * | NC_007793 | 1,022,294 | 0 | G | A | 100.0% | 71.3 / NA | 26 | intergenic (+171/‑100) | SAUSA300_RS05005/SAUSA300_RS05010 | CAAX amino protease/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (5/21); total (5/21) | |||||||||||
GCTTCATTATAGTGGTAATATTTTTTAACAGCAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATGGTATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGGGTGGTGCCTATGGCATTACTTAACA > NC_007793/1022200‑1022371 || gCTTCATTATAGTGGTAATATTTTTTAACAGCAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATataa > 1:185344/1‑100 (MQ=255)gCTTCATTATAGTGGTAATATTTTTTAACAGCAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATataa > 1:2305530/1‑100 (MQ=255)gCTTCATTATAGTGGTAATATTTTTTAACAGCAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATataa > 1:4870579/1‑100 (MQ=255) aGTGGTAATATTTTTTAACAGCAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAg > 1:1701416/1‑100 (MQ=255) atatTTTTTAACAGCAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTg < 1:3835300/100‑1 (MQ=255) cggCAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGAtggga < 1:5177131/98‑3 (MQ=255) gCAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGc < 1:2760597/100‑1 (MQ=255) caggCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCt < 1:4087865/97‑1 (MQ=255) cAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGca < 1:2795664/100‑2 (MQ=255) cAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCt < 1:78267/100‑1 (MQ=255) taGCGGCTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTa > 1:1145239/2‑100 (MQ=255) ggTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTg < 1:879274/100‑1 (MQ=255) ttGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAgg < 1:559530/100‑1 (MQ=255) gagaTTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAgggg < 1:1238520/100‑1 (MQ=255) gaTTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAgggggg < 1:2954662/100‑1 (MQ=255) aTTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAggggggc < 1:2149741/100‑2 (MQ=255) aTTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATAGTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAgggggaa < 1:4166605/100‑3 (MQ=39) ttAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGggta < 1:5358913/100‑2 (MQ=255) tccgatctAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGggtgg < 1:3418034/93‑1 (MQ=38) cgatcttgTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGGgtggtg < 1:4045638/93‑1 (MQ=38) gTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGGGTGGTGc < 1:1123930/100‑1 (MQ=255) tttAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGGGTGGTGcca < 1:3032356/100‑2 (MQ=255) tttAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGGGTGGTGCCt < 1:4082244/100‑1 (MQ=255) tCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGGGTGGTGCCTATGGc < 1:5606221/100‑1 (MQ=255) gTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATTATATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGGGTGGTGCCTATGGCAtt < 1:2369454/100‑1 (MQ=255) ttaCTAAATATTTTATAAAAATTATATAATA‑TTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGGGTGGTGCCTATGGCATTACTTAaca < 1:3785522/100‑1 (MQ=37) || GCTTCATTATAGTGGTAATATTTTTTAACAGCAAGCGGTTATTATTGAGATTAGGTTTTAGTCAGTTTTTATTACTAAATATTTTATAAAAATGGTATAATATTTTTGAGCAAGTTGAATTGATGGTGGCTATCTGAGTAAAGGGGGGTGGTGCCTATGGCATTACTTAACA > NC_007793/1022200‑1022371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |