Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	2,629,610	C→T	P818P (CCG→CCA)	SAUSA300_RS13525 ←	fibronectin‑binding protein A

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	2,629,610	0	C	T	88.9%	29.0 / ‑2.7	18	P818P (CCG→CCA)	SAUSA300_RS13525	fibronectin‑binding protein A
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/2);  new base T (5/11);  total (5/13)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01

TACCTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTG  >  NC_007793/2629514‑2629641                                                                                                          |                                gatctctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTgga                              <  1:2568935/97‑2 (MQ=255)  cgatctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTgggg                             <  1:440769/97‑3 (MQ=14)   gatctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTtggtgg                            <  1:3817407/98‑1 (MQ=255)   ccTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTtggtgg                            <  1:4081328/100‑1 (MQ=255)     tctGGCGTCGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCg                          <  1:5735035/100‑1 (MQ=255)      ctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGt                         >  1:2212758/1‑100 (MQ=255)       tGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGtt                        <  1:5438264/100‑1 (MQ=11)       ccgatctGGCGTTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCgag                        <  1:4665909/94‑3 (MQ=14)        ggtgTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGcagat                       >  1:2755205/4‑96 (MQ=11)        ggCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtg                       >  1:1378118/1‑100 (MQ=255)        ggCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGATGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGAGGCGTtg                       >  1:5781601/1‑100 (MQ=14)         gctttGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCTCTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtgg                      <  1:223026/97‑1 (MQ=255)         gCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTtggtggtggagg                      <  1:1770810/100‑7 (MQ=14)         gCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtgt                      <  1:143987/100‑2 (MQ=255)             tggtggCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGc                           <  1:4684435/100‑1 (MQ=2)             tGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCTCTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgta                  <  1:3071344/100‑3 (MQ=255)                    gttggtgttTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgtttccgggc           <  1:1503274/100‑10 (MQ=11)                    gttggtgttTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgtttccggca           <  1:270786/100‑10 (MQ=11)                    cttggtgttTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgtttccggct           >  1:1338269/2‑91 (MQ=1)                     ttggtgttTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgtttccggctc          <  1:3515012/100‑11 (MQ=11)                             ccgatctggCTAGGTACTTCTGGTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGtgttg  <  1:3933584/92‑1 (MQ=14)                                                                                                          |                                TACCTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTG  >  NC_007793/2629514‑2629641

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑