Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_007793 2,629,592 G→A S824S (AGC→AGT)  SAUSA300_RS13525 ← fibronectin‑binding protein A

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0077932,629,5920GA94.3% 65.7 / ‑3.0 37S824S (AGC→AGT) SAUSA300_RS13525fibronectin‑binding protein A
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/2);  new base A (5/28);  total (5/32)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01

GTTTACCAGGTTCAGTTGGTACCTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTG  >  NC_007793/2629495‑2629641
                                                                                                          |                                                 
gTTTACCAGGTTCAGTTGGTACCTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACt                                                 <  1:4649814/100‑1 (MQ=255)
    ttccgatctcgTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGt                                             <  1:2160472/90‑1 (MQ=14)
    aCCAGGTTCAGTTGGTACCTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCATTTGGt                                             <  1:4394125/100‑1 (MQ=255)
    aCCAGGTTCAGTTGGTACCTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGt                                             <  1:359999/100‑1 (MQ=255)
     ccgatctcgtttGGTACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTa                                            <  1:281723/90‑1 (MQ=17)
       ttccgatcttGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGACCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACt                                          <  1:5068100/92‑1 (MQ=11)
       gatcttgcttGGTACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACt                                          <  1:3137140/92‑1 (MQ=17)
       cgatctgcttGGTACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACt                                          <  1:3490399/92‑1 (MQ=14)
       ccgatcttttGGTACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACt                                          <  1:5155814/92‑1 (MQ=17)
        tctcgccttGGTACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACtt                                         <  1:3192767/93‑1 (MQ=17)
            cAGTTGGTACCTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTgg                                     <  1:3055459/100‑1 (MQ=255)
             gctcttccgatctGGCTTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGgt                                    <  1:1119732/90‑1 (MQ=17)
             aGTTGGTACCTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTgga                                    <  1:4127936/100‑2 (MQ=255)
              ctcttccgatctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGgtg                                   <  1:657580/91‑1 (MQ=17)
                ccgatcttctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGgtgtt                                 <  1:4284098/93‑2 (MQ=14)
                 ggTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGgtgttg                                <  1:4490965/100‑3 (MQ=11)
                   gatctctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTgga                              <  1:2568935/97‑2 (MQ=255)
                    cgatctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTgggg                             <  1:440769/97‑3 (MQ=14)
                     gatctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTtggtgg                            <  1:3817407/98‑1 (MQ=255)
                     ccTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTtggtgg                            <  1:4081328/100‑1 (MQ=255)
                       tctGGCGTCGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCg                          <  1:5735035/100‑1 (MQ=255)
                        ctGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGt                         >  1:2212758/1‑100 (MQ=255)
                         tGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGtt                        <  1:5438264/100‑1 (MQ=11)
                         ccgatctGGCGTTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCgag                        <  1:4665909/94‑3 (MQ=14)
                          ggtgTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGcagat                       >  1:2755205/4‑96 (MQ=11)
                          ggCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtg                       >  1:1378118/1‑100 (MQ=255)
                          ggCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGATGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGAGGCGTtg                       >  1:5781601/1‑100 (MQ=14)
                           gctttGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCTCTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtgg                      <  1:223026/97‑1 (MQ=255)
                           gCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTtggtggtggagg                      <  1:1770810/100‑7 (MQ=14)
                           gCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtgt                      <  1:143987/100‑2 (MQ=255)
                               tggtggCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGc                           <  1:4684435/100‑1 (MQ=2)
                               tGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCTCTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgta                  <  1:3071344/100‑3 (MQ=255)
                                      gttggtgttTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgtttccgggc           <  1:1503274/100‑10 (MQ=11)
                                      gttggtgttTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgtttccggca           <  1:270786/100‑10 (MQ=11)
                                      cttggtgttTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgtttccggct           >  1:1338269/2‑91 (MQ=1)
                                       ttggtgttTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTtggtgtttccggctc          <  1:3515012/100‑11 (MQ=11)
                                               ccgatctggCTAGGTACTTCTGGTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGtgttg  <  1:3933584/92‑1 (MQ=14)
                                                                                                          |                                                 
GTTTACCAGGTTCAGTTGGTACCTCTGGCGTTGGCGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCGCTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTG  >  NC_007793/2629495‑2629641

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑