Predicted mutation
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RA	NC_007793	2,590,666	A→G	T154A (ACT→GCT)	SAUSA300_RS13320 →	hypothetical protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	2,590,666	0	A	G	100.0%	92.7 / NA	34	T154A (ACT→GCT)	SAUSA300_RS13320	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (26/8);  total (26/8)

TATTTTCGCACTAAATGTAGATTCCTTTACTGTCTTTGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAACTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGAATTAAGCAGATTAATA  >  NC_007793/2590584‑2590755                                                                                   |                                                                                          tatTTTCGCACTAAATGTAGATTCCTTTACTGTCTTTGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAAcc                                                                          <  1:584595/100‑1 (MQ=255)     ctggCACTAAATGTAGATTCCTTTACTGTCTTTGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATta                                                                      >  1:2059531/4‑100 (MQ=255)                     gttCCTTTACTGTCTTTGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGAt                                                      >  1:2147995/2‑100 (MQ=255)                           tttcttgccttGGCATTTTCCCGGTCATTAAAGGGTAAGGGTCCAACAGGTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCa                                                <  1:4208670/91‑1 (MQ=255)                           ttACTGTCTTTGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCa                                                <  1:4094153/100‑1 (MQ=255)                                    ttGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTAtttt                                       >  1:5758430/1‑100 (MQ=255)                                    ttGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTAtttt                                       >  1:5735391/1‑100 (MQ=255)                                    ttGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTAtttt                                       >  1:5122490/1‑100 (MQ=255)                                    ttGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTAtttt                                       >  1:5097703/1‑100 (MQ=255)                                    ttGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTAtttt                                       >  1:3141409/1‑100 (MQ=255)                                    ttGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTAtttt                                       >  1:3754865/1‑100 (MQ=255)                                    ttGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGGTCCATCAGTTTGATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTAtttt                                       >  1:230393/1‑100 (MQ=255)                                     tGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTc                                      >  1:4926180/1‑100 (MQ=255)                                     tGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTc                                      >  1:385367/1‑100 (MQ=255)                                     tGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTc                                      >  1:3834049/1‑100 (MQ=255)                                           ttACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCat                                <  1:1549039/100‑1 (MQ=255)                                             gcccGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCatat                              >  1:3990772/2‑100 (MQ=255)                                             cggcGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCatag                              >  1:3760216/4‑99 (MQ=255)                                                agCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATAtttt                           >  1:691465/2‑100 (MQ=255)                                                    cATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAAtt                       >  1:3089646/1‑100 (MQ=255)                                                    cATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAAtt                       >  1:2121385/1‑100 (MQ=255)                                                       tAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCac                    <  1:1589024/100‑2 (MQ=255)                                                       ctaaGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTCCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCaa                    >  1:3156981/3‑100 (MQ=255)                                                        caaGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGCCATATTTTAATTCAAg                   >  1:2710401/2‑100 (MQ=255)                                                        aaaGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAg                   >  1:4403454/1‑100 (MQ=255)                                                         ctgggTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGa                  >  1:1664802/3‑100 (MQ=255)                                                          aGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGaa                 >  1:4857940/1‑100 (MQ=255)                                                          aGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGaa                 >  1:3016553/1‑100 (MQ=255)                                                                tGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGAATTAAGc           <  1:2382357/100‑1 (MQ=255)                                                                tGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGAATGAAGc           <  1:2113848/100‑1 (MQ=255)                                                                tGGTTCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGAACTAAGc           <  1:2966383/100‑1 (MQ=255)                                                                   ctCCATCAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGAATCAAGCAGa        >  1:5309011/2‑100 (MQ=255)                                                                         cAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGAATTAAGCAgtagatcg  >  1:146303/1‑93 (MQ=255)                                                                         cAGTTTAATAGCTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGAAATAAGCAGAtcggaa  >  1:3179798/1‑95 (MQ=255)                                                                                   |                                                                                          TATTTTCGCACTAAATGTAGATTCCTTTACTGTCTTTGACATTTACCCGCTCATTAAAGGGTATGGTTCCATCAGTTTAATAACTATATTTTCGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGTCAACTTATTTTCCGTCATATTTTAATTCAAGAATTAAGCAGATTAATA  >  NC_007793/2590584‑2590755

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑