| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,500,631 | A→G | intergenic (+792/‑696) | SAUSA300_RS12850 → / → SAUSA300_RS12855 | hypothetical protein/transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,500,631 | 0 | A | G | 99.7% | 51641.0 / 3.5 | 18810 | intergenic (+792/‑696) | SAUSA300_RS12850/SAUSA300_RS12855 | hypothetical protein/transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/57); new base G (233/18504); total (233/18577) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 18823 total aligned reads displayed.
GTTAATTCATTGATGTGTGCTGTTTCTTGTTGCTTCATTATCTTGATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACAGCAATAACTAGATGGATTTTCTTAGATGTTCACTTTTCTAGATGTTTATACTTATCTTGATGTTTTCTAAACAGAACTTTTAAACGCTTTATTTTT > NC_007793/2500532‑2500727 | tCATTGATGTGTGCTGTTTCTTGTTGCTTCATTATCTTGATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAAtg < 1:4313878/100‑2 (MQ=255) cATTGATGTGTGCTGTTTCTTGTTGCTTCATTATCTTGATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAATac < 1:5688382/100‑2 (MQ=255) ttGATGTGTGCTGTTTCTTGTTGCTTCATTATCTTGATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAATAACt < 1:189074/100‑1 (MQ=255) ctcttccgatCTTGTTGCTTCATTATCTTGATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAATAACTAGATgg < 1:2266778/91‑1 (MQ=255) ttccgatCTTGTTGCTTCATTATCTTGATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAATAACTAGATGGAtt < 1:3084766/94‑1 (MQ=255) gTTTCTTGTTGCTTCATTATCTTGATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAATAACTAGATGGATTTTc < 1:2425094/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |