Predicted mutation
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RA	NC_007793	2,444,611	T→C	T29T (ACA→ACG)	SAUSA300_RS12565 ←	sodium:proton antiporter

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*	NC_007793	2,444,611	0	T	C	100.0%	47.0 / NA	19	T29T (ACA→ACG)	SAUSA300_RS12565	sodium:proton antiporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/19);  total (0/19)

CTTTTTTAGCAAATGATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCTGTGATAATACCTACGCCTAAAAACAACGCCACAAATAATAACAAGGGGAATAATGCCCAAGC  >  NC_007793/2444517‑2444673                                                                                               |                                                               cTTTTTTAGCAAATGATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGat                                                           <  1:1906618/100‑1 (MQ=255) cTTTTTTAGCAAATGATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGat                                                           <  1:2913330/100‑1 (MQ=255)    ttttAGCAAATGATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGataat                                                        <  1:5680246/100‑1 (MQ=255)         gCAAATGATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTa                                                   <  1:1715671/100‑1 (MQ=255)              tGATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCGACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCt                                              <  1:1796798/100‑1 (MQ=255)              tGATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCt                                              <  1:143699/100‑1 (MQ=255)              tGATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCt                                              <  1:3633231/100‑1 (MQ=255)               gATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTa                                             <  1:4160248/100‑1 (MQ=255)               gATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTa                                             <  1:818702/100‑1 (MQ=255)               gATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTa                                             <  1:1804803/100‑1 (MQ=255)                aTTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTaa                                            <  1:5391971/100‑1 (MQ=255)                 ttCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTagc                                           <  1:4409962/100‑3 (MQ=255)                            tCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTAAAAACAACGCcac                                <  1:4327452/100‑1 (MQ=255)                             cATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTAAAAACAACGCcaca                               <  1:4962129/100‑1 (MQ=255)                              aTTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTAAAAACAACGCCACaa                              <  1:2304303/100‑1 (MQ=255)                                          acaATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTAAAAACAACGCCACAAATAATAACAAgg                  <  1:828634/100‑1 (MQ=255)                                             aTTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTAAAAACAACGCCACAAATAATAACAAGGGGa               <  1:4861627/100‑1 (MQ=255)                                               tACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTAAAAACAACGCCACAAATAATAACAAGGGGaat             <  1:729629/100‑1 (MQ=255)                                                          tAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCCGTGATAATACCTAAGCCTAAAAACAACGCCACAAATAATAACAAGGGGAATAATGCCCAAGc  <  1:1067534/100‑1 (MQ=255)                                                                                               |                                                               CTTTTTTAGCAAATGATTCTTTTCGATTCATTAATAACGCCACAATTACCGTTATCGTAATTGCAACATTTAATGGCATTGAAGTAAAATCACCTGTGATAATACCTACGCCTAAAAACAACGCCACAAATAATAACAAGGGGAATAATGCCCAAGC  >  NC_007793/2444517‑2444673

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑