| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,300,219 | G→A | A156V (GCT→GTT) | SAUSA300_RS11710 ← | multidrug MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,300,219 | 0 | G | A | 97.5% | 107.8 / NA | 40 | A156V (GCT→GTT) | SAUSA300_RS11710 | multidrug MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (1/38); minor base C (0/1); total (1/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTA > NC_007793/2300124‑2300293 | ttGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCctgtaactgt < 1:906522/100‑1 (MQ=255)ttGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCctgtaactgt < 1:3077344/100‑1 (MQ=255)ttGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCctgtaactgt < 1:3145721/100‑1 (MQ=255)ttGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCctgtaactgt < 1:4657312/100‑1 (MQ=255)ttGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATAGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCctgtaactgt < 1:1623959/100‑1 (MQ=255)ttGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCctgtagctgt < 1:2690876/100‑1 (MQ=255)ttGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAATATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCctgtaactgt < 1:461168/100‑1 (MQ=255) caaaccGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCt < 1:4418903/100‑1 (MQ=255) caaaccGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCt < 1:2067351/100‑1 (MQ=255) caaaccGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCt < 1:4251834/100‑1 (MQ=255) caaaccGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCt < 1:4149385/100‑1 (MQ=255) caaaccGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCt < 1:2889770/100‑1 (MQ=255) accGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTAtt < 1:1003209/100‑1 (MQ=255) aaaaCAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTg < 1:2408234/100‑1 (MQ=255) cAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAGCTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGc < 1:1665723/100‑1 (MQ=255) cAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTgg < 1:3363715/100‑2 (MQ=255) cAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGc < 1:14564/100‑1 (MQ=255) aaaGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGACCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCa < 1:3968343/100‑1 (MQ=255) aaGGCAAGTATAGCAATTCCTACAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCaa < 1:254844/100‑1 (MQ=255) tacaaTTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCt < 1:790278/97‑1 (MQ=255) tacaaTTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCt < 1:3151715/97‑1 (MQ=255) tacaaTTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCt < 1:5494876/97‑1 (MQ=255) tacaaTTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCt < 1:4975834/97‑1 (MQ=255) tacaaTTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCt < 1:1782235/97‑1 (MQ=255) acaaTTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTa < 1:2799409/98‑1 (MQ=255) caaTTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAg < 1:1374011/99‑1 (MQ=255) aaTTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAgg < 1:4732050/100‑2 (MQ=255) aaTTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGt < 1:374365/100‑1 (MQ=255) tataATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTccc < 1:4296963/100‑1 (MQ=255) tataATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTccc < 1:5532380/100‑1 (MQ=255) aataaATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCAtg < 1:1382181/100‑2 (MQ=255) tcttccgatcTCGCCAGCTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGc < 1:2048567/91‑1 (MQ=255) taaATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGc < 1:4410839/100‑1 (MQ=255) aaaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCa < 1:796764/100‑1 (MQ=255) aaaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCa < 1:795828/100‑1 (MQ=255) aaaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCa < 1:5678373/100‑1 (MQ=255) aaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCaa < 1:4160652/100‑1 (MQ=255) aaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCaa < 1:3032723/100‑1 (MQ=255) aaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCaa < 1:623588/100‑1 (MQ=255) aaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCaa < 1:4097903/100‑1 (MQ=255) aTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCaaa < 1:569311/100‑1 (MQ=255) ggAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCaaaca < 1:5105041/100‑3 (MQ=255) ttccgatcttCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCg < 1:2738110/91‑1 (MQ=255) cTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTca < 1:477357/100‑2 (MQ=255) cAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGtt < 1:2212162/100‑1 (MQ=255) ccGCTTGATCAATAATTAATCCTGTACCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCttt < 1:2261310/99‑1 (MQ=255) cGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTa > 1:4511660/1‑100 (MQ=255) | TTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTA > NC_007793/2300124‑2300293 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |