Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	2,146,895	A→G	intergenic (‑189/‑47)	SAUSA300_RS10930 ← / → SAUSA300_RS10935	delta‑hemolysin/accessory gene regulator protein B

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	2,146,895	0	A	G	100.0%	238.6 / NA	85	intergenic (‑189/‑47)	SAUSA300_RS10930/SAUSA300_RS10935	delta‑hemolysin/accessory gene regulator protein B
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (78/7);  total (78/7)

CTGTAATTTTTTTTATGTTAAAATATTAAATACAAATTACATTTAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAAAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGCCACGTATC  >  NC_007793/2146806‑2146984                                                                                          |                                                                                          cTGTAAATTTTTTTATGTTAAAATATTAAATACAAATTACATTTAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACt                                                                                 <  1:3095114/100‑1 (MQ=255)                       atatTAAATACAAATTACATTTAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTgagg                                                           <  1:3397332/100‑1 (MQ=255)                       atatTAAATACAAATTACATTTAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTgagg                                                           <  1:3320127/100‑1 (MQ=255)                         atTAAATACAAATTACATTTAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTgaggag                                                         <  1:4686210/100‑1 (MQ=255)                                   aaTTACATTTAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTaa                                               <  1:3557500/100‑1 (MQ=255)                                           ttAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAat                                       >  1:3347676/1‑100 (MQ=255)                                           ttAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAat                                       >  1:5621623/1‑100 (MQ=255)                                           ttAACAGTTAAGTATTTATTTACTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAat                                       >  1:2576418/1‑100 (MQ=255)                                              aCAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAattat                                    >  1:1215022/1‑100 (MQ=255)                                                             tttCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAAtt                     >  1:3181834/1‑100 (MQ=255)                                                              ttCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAAtta                    >  1:2428575/1‑99 (MQ=255)                                                              ttCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTg                    >  1:5285859/1‑100 (MQ=255)                                                              ttCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTg                    >  1:2096637/1‑100 (MQ=255)                                                              ttCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTg                    >  1:3384586/1‑100 (MQ=255)                                                              ttCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTg                    >  1:3008960/1‑100 (MQ=255)                                                               tCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGa                   >  1:3609020/1‑100 (MQ=255)                                                               tCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGa                   >  1:4757236/1‑100 (MQ=255)                                                                ccTACAGTTAGGCAATATGATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGAc                  >  1:5322012/1‑100 (MQ=255)                                                                ccTACAGTTAGGCAATATAATGATGAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGAc                  >  1:887630/1‑100 (MQ=255)                                                                ccTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATaaaaataga                  >  1:4972709/1‑95 (MQ=255)                                                                ccTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGAc                  >  1:5776911/1‑100 (MQ=255)                                                                ccTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGAc                  >  1:4462271/1‑100 (MQ=255)                                                                ccTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGAc                  >  1:1610881/1‑100 (MQ=255)                                                                ccTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGAc                  >  1:5572312/1‑100 (MQ=255)                                                                ccTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGAc                  >  1:4914535/1‑100 (MQ=255)                                                                ccTACAGTTAGGCAATATAATAATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGAc                  >  1:3538045/1‑100 (MQ=255)                                                                 cTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGAcc                 >  1:4228257/1‑100 (MQ=255)                                                                 cTACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTAAcc                 >  1:2223603/1‑100 (MQ=255)                                                                  tACAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCa                >  1:1280953/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGGGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:2398606/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:3073864/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:1494983/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:4233581/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:3715935/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:3707087/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:5137652/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:5686072/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:3010161/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAg               >  1:3213728/1‑100 (MQ=255)                                                                    cAGTTAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAgc              <  1:2342176/100‑2 (MQ=255)                                                                      cttAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGGGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGttt            >  1:1985283/2‑100 (MQ=255)                                                                      cttAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGttt            >  1:1865580/2‑100 (MQ=255)                                                                       ctAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTg           >  1:2910191/2‑100 (MQ=255)                                                                       ctAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTg           >  1:1773604/2‑100 (MQ=255)                                                                        tAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGGTAATAAAATTGACCAGTTTGc          >  1:580539/1‑100 (MQ=255)                                                                        tAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGc          >  1:5032597/1‑100 (MQ=255)                                                                        tAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGc          >  1:4766943/1‑100 (MQ=255)                                                                        tAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGc          >  1:4639602/1‑100 (MQ=255)                                                                        tAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGc          >  1:1666672/1‑100 (MQ=255)                                                                        tAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGc          >  1:5130765/1‑100 (MQ=255)                                                                        tAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGc          >  1:2737468/1‑100 (MQ=255)                                                                        tAGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAACTGACCAgatcgg          >  1:1577785/1‑95 (MQ=255)                                                                         cggCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:5161947/2‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATCAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:1872300/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATCATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:5497967/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACGGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:1612977/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGTGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:9929/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAgatcgga         >  1:804014/1‑94 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:5758585/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:1448046/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:962258/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:894114/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:1736179/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:880906/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:829533/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:640244/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:1898766/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:1980339/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:4717355/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:2163525/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:2577802/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:2939085/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:3027202/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:3263600/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:5266395/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:5241035/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:5182441/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:3648720/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:3941022/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGcc         >  1:4222291/1‑100 (MQ=255)                                                                          ggCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGCCa        >  1:624001/1‑100 (MQ=255)                                                                          ggCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGCCa        >  1:818996/1‑100 (MQ=255)                                                                           gCAATATAATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGCCAc       >  1:3684222/1‑100 (MQ=255)                                                                               tataATGAAAAGAGATTGTACTAAATCGTATAAAGACAATGAGGAGAATGGTGTAAAATTGAATTATTTTGAAAATAAAATTGACCAGTTTGCCACGtgc   <  1:2957383/100‑3 (MQ=255)                                                                                ataATGATAAGAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGCCACGTATc  >  1:824445/1‑100 (MQ=255)                                                                                          |                                                                                          CTGTAATTTTTTTTATGTTAAAATATTAAATACAAATTACATTTAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAAAGATTGTACTAAATCGTATAATGACAGTGAGGAGAGTGGTGTAAAATTGAATTATTTTGATAATAAAATTGACCAGTTTGCCACGTATC  >  NC_007793/2146806‑2146984

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑