| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,099,256 | C→T | L684L (TTG→TTA) | SAUSA300_RS10590 ← | phage tail tape measure protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,099,256 | 0 | C | T | 96.8% | 80.6 / ‑5.7 | 31 | L684L (TTG→TTA) | SAUSA300_RS10590 | phage tail tape measure protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (16/14); minor base A (0/1); total (16/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
TCCAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGTTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATCAAGGCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTGCATCACTTGCCAG > NC_007793/2099160‑2099298 | tcCAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaa > 1:1341591/1‑99 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:857295/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:1135083/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:84574/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:5574394/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:5381681/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:4600414/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:4311291/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:3528310/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:273980/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:1473503/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:2232645/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:1556305/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:222272/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:1758991/1‑98 (MQ=255) ccAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTaaag > 1:2561875/1‑98 (MQ=255) agaagaACTTAATTAAACCTAGTATGATTTTTAAAGCTCCTTGTATCACCCCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCa < 1:404795/100‑1 (MQ=255) agaagaACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACCCCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCa < 1:4558191/100‑1 (MQ=255) agaagaACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCa < 1:2100570/100‑1 (MQ=255) agaagaACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCa < 1:692348/100‑1 (MQ=255) agaagaACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCa < 1:5442746/100‑1 (MQ=255) aattaaACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTgg < 1:59831/100‑2 (MQ=255) aattaaACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTGGTATCACCCCTTTTATATTCCCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTGc < 1:4338327/100‑1 (MQ=255) taaACCTAGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACCCCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTGCATc < 1:4969312/100‑1 (MQ=255) aaagccTAGTATGATATTTAAAGCCCCTTGTATCACCCCTTTTATATTCTCCCAAGTACGGAAAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTGCATc < 1:2119454/96‑1 (MQ=255) aGTTTGATATTTAAAGCTCCTTGTTTCACCCCTTTTATATTTGCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTGCATCACGTGcc < 1:2865104/100‑1 (MQ=255) aGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACCCCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATAAAAGCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTGCATCACTTGcc < 1:5736643/100‑1 (MQ=255) aGTATGATATTTAAAGCTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATTAAAGCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTGCATCACTTGcc < 1:2594895/100‑1 (MQ=255) aGTATGATATTTAAAGCTCCTTGAATCACACCGTTTATATTCTCCCAATTACTGACAGTTAACCCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTGCATCACTTGcc < 1:4555894/100‑1 (MQ=255) gTATGATTTTTAAAGCTCCTGGTATCACACCTTTTAGATTCTCCCAAGTTCGGACAATTAAGCCTTAAACCGCCGGCCAAATAAATTGCATCAATTGACa < 1:206351/100‑1 (MQ=255) tATGATATTAAAAGCCCCGTATGCCACTCCTTTTTTATTCCCCCAATTACTGACAATTAAAGCTTAAACCGCCGGCCAAATAAATGGCATCACTTGCCaa < 1:4796665/100‑2 (MQ=255) | TCCAGTAAATAAACTTGAGAAGAACTTAATTAAACCTAGTATGATATTTAAAGTTCCTTGTATCACACCTTTTATATTCTCCCAAGTACTGACAATCAAGGCTTTAACCGCCGGCCAAATAAATTGCATCACTTGCCAG > NC_007793/2099160‑2099298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |