| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,086,256 | G→A | intergenic (‑45/‑640) | SAUSA300_RS10525 ← / → SAUSA300_RS10530 | hypothetical protein/chemotaxis inhibitory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,086,256 | 0 | G | A | 99.5% | 546.9 / ‑5.7 | 186 | intergenic (‑45/‑640) | SAUSA300_RS10525/SAUSA300_RS10530 | hypothetical protein/chemotaxis inhibitory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (7/177); total (7/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
ATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATT > NC_007793/2086160‑2086351 | aTGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATgactaact < 1:175116/100‑1 (MQ=255) ttccgatcttCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑AAAAAAAAGTACa < 1:387549/92‑1 (MQ=255) cttccgatctCCCGCGAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑‑AAAAAAAGTACac < 1:113215/91‑2 (MQ=255) gCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑AAAAAAAAGTACat > 1:4948271/1‑100 (MQ=255) gCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑AAAAAAAAGTACat < 1:2406490/100‑1 (MQ=255) tccgatctCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑AAAAAAAAGTACatc < 1:5284706/93‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |