| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,051,965 | T→C | M127V (ATG→GTG) | SAUSA300_RS10325 ← | geranylgeranylglyceryl/heptaprenylglyceryl phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,051,965 | 0 | T | C | 96.7% | 161.0 / ‑4.2 | 60 | M127V (ATG→GTG) | SAUSA300_RS10325 | geranylgeranylglyceryl/heptaprenylglyceryl phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (4/54); total (4/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAACCGGTAATCGATACATATGATTGACCATTTGGGCATATGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCATTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTACC > NC_007793/2051872‑2052061 | tAACCGGTAATCGATACATATGATTGACCATTTGGGCATATGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCt < 1:5431450/100‑1 (MQ=255)tAACCGGTAATCGATACATATGATTGACCATTTGGGCATATGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCt < 1:1371145/100‑1 (MQ=255)tAACCGGTAATCGATACATATGATTGACCATTTGGGCATATGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCt < 1:18307/100‑1 (MQ=255) ccGGTAATCGATACATATGATTGACCATTTGGGCATATGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATc < 1:4217939/100‑1 (MQ=255) ccGGTAATCGATACATATGATTGACCATTTGGGCATATGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATc < 1:3004611/100‑1 (MQ=255) cGATACATATGATTGACCATTTGGGCATATGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCCCTTTGCTATCAGCATTGc < 1:5650018/100‑1 (MQ=255) atatGATTGACCATTTGGGCATATGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGa > 1:5073623/1‑100 (MQ=255) atatGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTAcc < 1:2436986/100‑2 (MQ=255) tatGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACtt > 1:5240419/1‑100 (MQ=255) cttccgaTCTTCTGTAGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCa < 1:4093763/94‑1 (MQ=255) aTCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCt < 1:935779/100‑1 (MQ=255) ttctGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCtaag < 1:1562943/100‑3 (MQ=255) tctGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTTGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATAc > 1:4051790/1‑100 (MQ=255) tctGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCtatag < 1:4284840/100‑2 (MQ=255) tctGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATAc < 1:3181568/100‑1 (MQ=255) tctGTGGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCGGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCtatat < 1:1269173/100‑2 (MQ=255) tctGCTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATAc > 1:4534708/1‑100 (MQ=255) ctGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACt < 1:2800553/100‑1 (MQ=255) ctGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACt < 1:2467812/100‑1 (MQ=255) ctGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACt < 1:2383572/100‑1 (MQ=255) ctGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACt < 1:3916259/100‑1 (MQ=255) tgccgttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATTCCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTa < 1:5728986/96‑1 (MQ=255) gttgttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGTTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTAt < 1:5317845/100‑1 (MQ=255) gttgttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTAt < 1:1011370/100‑1 (MQ=255) tgttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGt < 1:4295355/100‑1 (MQ=255) gttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATggg < 1:2586266/100‑3 (MQ=255) gttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTc < 1:2866588/100‑1 (MQ=255) ttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTcc < 1:732289/100‑1 (MQ=255) ttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTcc < 1:5153313/100‑1 (MQ=255) ttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTcc < 1:4536837/100‑1 (MQ=255) ttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTcc < 1:136527/100‑1 (MQ=255) ttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTcc < 1:5219788/100‑1 (MQ=255) ttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTcc < 1:5318145/100‑1 (MQ=255) ttAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTcc < 1:3121875/100‑1 (MQ=255) tAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCa < 1:2057098/100‑1 (MQ=255) tAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCa < 1:5757890/100‑1 (MQ=255) aaaTCTGTATTTGCTTTGGTTTGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCaa < 1:4568949/100‑2 (MQ=255) aaaTCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCat < 1:3171036/100‑1 (MQ=255) aaaTCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCat < 1:673067/100‑1 (MQ=255) aTCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCatat < 1:4309690/100‑1 (MQ=255) aTCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCatac < 1:2148436/100‑2 (MQ=255) tCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCatact < 1:4050309/100‑3 (MQ=255) aTTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATGCCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCGATACTATGTCCATATGTTTTa < 1:3591902/100‑1 (MQ=255) aTTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTa < 1:3942594/100‑1 (MQ=255) aTTTGCTTTGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTa < 1:3334820/100‑1 (MQ=255) cTTTGGTATGTTTTGCCATTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAgcgc < 1:404621/100‑1 (MQ=255) tttGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCt < 1:2087660/100‑1 (MQ=255) ttGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATGCCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCtt < 1:2652224/100‑1 (MQ=255) tGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCttg < 1:4188374/100‑2 (MQ=255) tGGTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCtag < 1:3591550/100‑3 (MQ=255) ggTATGTTTTGCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCt < 1:4277534/100‑1 (MQ=255) tGCCATTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTa < 1:4729790/100‑1 (MQ=255) gCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTat < 1:3274985/100‑2 (MQ=255) gCCACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTAc < 1:103132/100‑1 (MQ=255) ccACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTatg < 1:4800542/100‑3 (MQ=255) ccACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTAcc < 1:3636200/100‑1 (MQ=255) ccACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTAcc < 1:5305280/100‑1 (MQ=255) ccACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTAcc < 1:2144774/100‑1 (MQ=255) ccACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTAcc < 1:1036298/100‑1 (MQ=255) ccACTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTAcc < 1:1034809/100‑1 (MQ=255) | TAACCGGTAATCGATACATATGATTGACCATTTGGGCATATGCTTCTAAATCTTCTGTTGTTAAATCTGTATTTGCTTTGGTATGTTTTGCCATTTTGCTATCAGCATTGCACACGACATACCCTTCAAATATTACTTCCTCAAAATCTATACTATGTCCATATGTTTTAAGCGCTTCTAATAATGTACC > NC_007793/2051872‑2052061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |