| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,914,404 | G→A | P223L (CCA→CTA) | SAUSA300_RS09465 ← | S‑adenosylmethionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,914,404 | 0 | G | A | 98.3% | 165.3 / ‑5.2 | 60 | P223L (CCA→CTA) | SAUSA300_RS09465 | S‑adenosylmethionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (2/57); total (2/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
ATCCTGCATCACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTGGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACGACAATCGTAT > NC_007793/1914309‑1914488 | aTCCTGCATCACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATa < 1:3265757/100‑1 (MQ=255)aTCCTGCATCACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGGTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATa < 1:2541726/100‑1 (MQ=255) tCCTGCATCACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATaa < 1:3098259/100‑1 (MQ=255) ccTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAtgtg < 1:4765399/100‑1 (MQ=255) ccTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAtgtg < 1:4165643/100‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGc < 1:5272522/100‑1 (MQ=255) tGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCtt < 1:2069775/100‑1 (MQ=255) gAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCttt < 1:1035369/100‑1 (MQ=255) gAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCttt < 1:5397528/100‑1 (MQ=255) aGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTa < 1:4455101/100‑1 (MQ=255) aaGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAAtta < 1:4845529/100‑2 (MQ=255) gTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTc < 1:5619490/100‑1 (MQ=255) gTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTc < 1:5295827/100‑1 (MQ=255) cTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCaga < 1:2235711/100‑3 (MQ=255) aGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTc < 1:1869829/100‑1 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:3762077/100‑1 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:300497/100‑1 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:3653665/100‑1 (MQ=255) aTTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcaca < 1:2208389/100‑1 (MQ=255) aTTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcaca < 1:2916556/100‑1 (MQ=255) aTTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcaca < 1:2016329/100‑1 (MQ=255) ttcctgtttaaTTTATTTTTTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACAt < 1:3807104/91‑1 (MQ=255) ttGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACAt < 1:5107541/100‑1 (MQ=255) tGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcacagg < 1:3981921/100‑3 (MQ=255) aTGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGAT‑‑ATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTcg < 1:2434265/100‑2 (MQ=255) tGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTc < 1:2262013/100‑1 (MQ=255) tGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTc < 1:5365600/100‑1 (MQ=255) tGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTc < 1:2210773/100‑1 (MQ=255) gTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCa < 1:2664123/100‑1 (MQ=255) gTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCa < 1:1167477/100‑1 (MQ=255) tAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTGGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAg < 1:290099/100‑1 (MQ=255) tAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAg < 1:5418895/100‑1 (MQ=255) aaTTTAGTTTGTTCATTAATCGAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTccccaa < 1:2297977/100‑6 (MQ=255) aaTTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCcacacctg < 1:2091614/100‑5 (MQ=255) aTTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtg < 1:2068412/100‑1 (MQ=255) tttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgt < 1:3308059/100‑1 (MQ=255) tttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgt < 1:4474095/100‑1 (MQ=255) tttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgg < 1:1710937/100‑2 (MQ=255) tttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgc < 1:2469318/100‑2 (MQ=255) ttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgtt < 1:5571926/100‑1 (MQ=255) ttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgtt < 1:1653972/100‑1 (MQ=255) ttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgtt < 1:5048595/100‑1 (MQ=255) ttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgag < 1:3928523/100‑3 (MQ=255) aGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgt < 1:2551125/100‑1 (MQ=255) tttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgt < 1:1271149/100‑1 (MQ=255) ttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgtt < 1:3535849/100‑1 (MQ=255) ttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgtt < 1:5011504/100‑1 (MQ=255) ttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgtt < 1:1194284/100‑1 (MQ=255) ttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgcg < 1:5138270/100‑3 (MQ=255) ttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGCTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgtt < 1:1881521/100‑1 (MQ=255) ttGTTCATCAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgtt < 1:4049097/100‑1 (MQ=255) gTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgttgt < 1:4718747/100‑2 (MQ=255) ttCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGAt < 1:886347/100‑1 (MQ=255) tCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGAtt < 1:5055985/100‑2 (MQ=255) cATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATAc < 1:4667122/100‑1 (MQ=255) aaTCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACGACa > 1:3156686/1‑100 (MQ=255) aaTCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACGACa < 1:2044646/100‑1 (MQ=255) aaacaccatCTGGAACTGTTAGATAAATGACATGCGCTTTAATGGCTTCTTGAATTTGGTCAAGTGGCACACACTCAGCATGTTGTGTTGCTACGACAAt > 1:5005084/9‑100 (MQ=255) cAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACggaagag < 1:5126727/100‑7 (MQ=255) ttttCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACGACAATCGTAt < 1:5545683/100‑1 (MQ=255) | ATCCTGCATCACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTGGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACGACAATCGTAT > NC_007793/1914309‑1914488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |