| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,913,997 | C→T | D359N (GAT→AAT) | SAUSA300_RS09465 ← | S‑adenosylmethionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,913,997 | 0 | C | T | 99.8% | 2778.0 / ‑5.9 | 952 | D359N (GAT→AAT) | SAUSA300_RS09465 | S‑adenosylmethionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (4/945); total (4/948) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 952 total aligned reads displayed.
TTCCACTTTGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATCAAGCATTTTAATAATACCTGCAGGTCTTAGGTCAAAGTGTTTTCTAACTGCTTCGACAAGTTGCCCTTCAGAAACTTTACCTGTTCCAAATGTATC > NC_007793/1913902‑1914093 | tcCACTTTGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCa < 1:5335300/100‑1 (MQ=255) cACTTTGTCTAATTTCTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCAtg < 1:5613567/100‑2 (MQ=255) tcTTTGTCCAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCAtgc < 1:700390/99‑3 (MQ=255) tttGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTta < 1:4913409/100‑1 (MQ=255) ttttCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTTAATAATACCtt < 1:4838068/100‑2 (MQ=255) ttttCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTTAATAATACCTg < 1:1778656/100‑1 (MQ=255) 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1:641141/100‑1 (MQ=255) tttCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTTAATAATACCTGc < 1:5689971/100‑1 (MQ=255) tttCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTTAATAATACCTGc < 1:1545934/100‑1 (MQ=255) tttCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTTAATAATACCTGc < 1:5181340/100‑1 (MQ=255) tttCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTTAATAATACCTGc < 1:5099554/100‑1 (MQ=255) tttCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTTAATAATACCTGc < 1:1901943/100‑1 (MQ=255) tttCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTTAATAATACCTGc < 1:2044177/100‑1 (MQ=255) tttCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTTAATAATACCTGc < 1:4794383/100‑1 (MQ=255) 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aaTTAAGCATTTTAATAATACCTGCAGGTCTTAGGTCAAAGTGTTTTCTAACTGCTTCGACAAGTTGCCCTTCAGAAACTTTACCTGTTCCAAATGTATc < 1:590969/100‑1 (MQ=255) aaTTAAGCATTTTAATAATACCTGCAGGTCTTAGGTCAAAGTGTTTTCTAACTGCTTCGACAAGTTGCCCTTCAGAAACTTTACCTGTTCCAAATGTATc < 1:2643722/100‑1 (MQ=255) aaTTAAGCATTTTAATAATACCTGCAGGTCTTAGGTCAAAGTGTTTTCTAACTGCTTCGACAAGTTGCCCTTCAGAAACTTTACCTGTTCCAAATGTATc < 1:2575180/100‑1 (MQ=255) aaTTAAGCATTTTAATAATACCTGCAGGTCTTAGGTCAAAGTGTTATCTAACTGCTTCGACAAGTTGCCCTTCAGAAACTTTACCTGTTCCAAATGTATc < 1:3735023/100‑1 (MQ=255) | TTCCACTTTGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATCAAGCATTTTAATAATACCTGCAGGTCTTAGGTCAAAGTGTTTTCTAACTGCTTCGACAAGTTGCCCTTCAGAAACTTTACCTGTTCCAAATGTATC > NC_007793/1913902‑1914093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |