| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,775,548 | G→A | T129I (ACC→ATC) | SAUSA300_RS08835 ← | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,775,548 | 0 | G | A | 99.7% | 1163.3 / NA | 386 | T129I (ACC→ATC) | SAUSA300_RS08835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (5/380); total (5/381) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 386 total aligned reads displayed.
ACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTT > NC_007793/1775453‑1775644 | acaaGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGATTTg < 1:521038/100‑1 (MQ=255)acaaGATATTTCCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGATTTg < 1:5595223/100‑1 (MQ=255) atTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGATTTGAGCtagt < 1:4754056/100‑3 (MQ=255) catcatCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGATTTGAGCTAATAATGtttt < 1:5057620/100‑1 (MQ=255) catcGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTTAACGTCTTGGCTAAGATTTGAGCTAATAATGTTTTAcc < 1:2508353/100‑1 (MQ=255) catcGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGATTTGAGCTAATAATGTTTTAcc < 1:4179869/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |