Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_007793 1,666,644 C→A V86L (GTA→TTA)  SAUSA300_RS08275 ← zinc ABC transporter ATP‑binding protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0077931,666,6440CA98.7% 218.0 / ‑5.3 75V86L (GTA→TTA) SAUSA300_RS08275zinc ABC transporter ATP‑binding protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base A (0/74);  minor base G (0/1);  total (0/75)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01

GGAAAAGACGTTTTGTCTTTGTTAATCCGCTTAAAACAACTTCTTTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATACATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAGGTAATAACCCTAGAATC  >  NC_007793/1666551‑1666735
                                                                                             |                                                                                           
ggAAAAGACGTTTTGTCTTTGTTAATCCGCTTAAAACAACTTCTTTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCt                                                                                       <  1:5118000/100‑1 (MQ=255)
 gAAAAGACGTTTTGTCTTTGTTAATCCGCTTAAAACAACTTCTTTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCtt                                                                                      <  1:2962381/100‑1 (MQ=255)
                                        ttcttTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCt                                               <  1:3163860/100‑1 (MQ=255)
                                        ctcttccgatcTTGCTGTGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCt                                               <  1:4885630/90‑1 (MQ=255)
                                         tcttTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAGATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCtt                                              <  1:4007/100‑1 (MQ=255)
                                         tcttTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGGTGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCtt                                              <  1:2130954/100‑1 (MQ=255)
                                         tcttTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCtt                                              <  1:2886056/100‑1 (MQ=255)
                                         tcttTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCtt                                              <  1:2325535/100‑1 (MQ=255)
                                         tcttTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCtg                                              <  1:4410127/100‑2 (MQ=255)
                                         tcttTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCta                                              <  1:692304/100‑2 (MQ=255)
                                          cttTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCttt                                             <  1:3911098/100‑2 (MQ=255)
                                          cttTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCtat                                             <  1:5535744/100‑3 (MQ=255)
                                           tttAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCTTTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGCTGTTTCCTTATTTTTAAAATCAATACCTTca                                            <  1:2460503/100‑1 (MQ=255)
                                           tttAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTca                                            <  1:2621663/100‑1 (MQ=255)
                                              tctacTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTcaaca                                         <  1:3684171/97‑1 (MQ=255)
                                                        gggAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcac                               <  1:1811451/100‑1 (MQ=255)
                                                         ggAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcacc                              <  1:4795681/100‑1 (MQ=255)
                                                         ggAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcacc                              <  1:2875435/100‑1 (MQ=255)
                                                         ggAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcacc                              <  1:1143968/100‑1 (MQ=255)
                                                          gAAACCTGAACTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcacca                             <  1:1441873/100‑1 (MQ=255)
                                                           aaaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccat                            <  1:3794679/100‑2 (MQ=255)
                                                           aaaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccat                            <  1:1810288/100‑2 (MQ=255)
                                                           aaaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccac                            <  1:3838545/100‑1 (MQ=255)
                                                           aaaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccac                            <  1:5704950/100‑1 (MQ=255)
                                                           aaaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccac                            <  1:2340075/100‑1 (MQ=255)
                                                           aaaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccac                            <  1:2992730/100‑1 (MQ=255)
                                                            aaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGGTAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccaca                           <  1:4800956/100‑2 (MQ=255)
                                                            aaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccagt                           <  1:683794/100‑3 (MQ=255)
                                                            aaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccacg                           <  1:1947102/100‑2 (MQ=255)
                                                            aaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccaca                           <  1:4296763/100‑2 (MQ=255)
                                                            aaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccaca                           <  1:1095637/100‑2 (MQ=255)
                                                            aaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACt                           <  1:1276631/100‑1 (MQ=255)
                                                            aaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACt                           <  1:4862428/100‑1 (MQ=255)
                                                            aaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACt                           <  1:5395303/100‑1 (MQ=255)
                                                            aaCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACt                           <  1:5720196/100‑1 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtt                          <  1:5209260/100‑1 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtt                          <  1:1844535/100‑1 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtt                          <  1:800201/100‑1 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtt                          <  1:3746493/100‑1 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtt                          <  1:3351558/100‑1 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtt                          <  1:3334501/100‑1 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtt                          <  1:605544/100‑1 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtt                          <  1:787396/100‑1 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtg                          <  1:2023609/100‑2 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtg                          <  1:4046520/100‑2 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtg                          <  1:61061/100‑2 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACtc                          <  1:4091825/100‑2 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACta                          <  1:3968899/100‑2 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACta                          <  1:2400913/100‑2 (MQ=255)
                                                             aCCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACta                          <  1:784098/100‑2 (MQ=255)
                                                              ccTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACttt                         <  1:4345627/100‑1 (MQ=255)
                                                              ccTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACttt                         <  1:1836227/100‑1 (MQ=255)
                                                              ccTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACttt                         <  1:2414299/100‑1 (MQ=255)
                                                              ccTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACttt                         <  1:2635641/100‑1 (MQ=255)
                                                              ccTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACttg                         <  1:4432926/100‑2 (MQ=255)
                                                               cTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTg                        <  1:4141150/100‑1 (MQ=255)
                                                               cTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTg                        <  1:3638602/100‑1 (MQ=255)
                                                                tGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTgc                       <  1:5360359/100‑2 (MQ=255)
                                                                tGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTgc                       <  1:1896805/100‑2 (MQ=255)
                                                                tGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGt                       <  1:1738709/100‑1 (MQ=255)
                                                                tGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGt                       <  1:4244630/100‑1 (MQ=255)
                                                                tGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGt                       <  1:4856741/100‑1 (MQ=255)
                                                                tGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGt                       <  1:4561653/100‑1 (MQ=255)
                                                                 gAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTcaccatcttgac                      <  1:2813625/100‑8 (MQ=255)
                                                                 gAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTa                      <  1:2589935/100‑1 (MQ=255)
                                                                  aaTTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTaa                     <  1:3210100/100‑1 (MQ=255)
                                                                  aaTTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTaa                     <  1:3145610/100‑1 (MQ=255)
                                                                      aaaGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAgca                 <  1:4270530/100‑3 (MQ=255)
                                                                        aGGCATTTGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAGGtaa               <  1:1714776/100‑1 (MQ=255)
                                                                               tGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAGGTAATAACCCt        <  1:4745847/100‑1 (MQ=255)
                                                                               tGCTTTTTGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAGGTAATAACCCt        <  1:2385507/100‑1 (MQ=255)
                                                                                     ttGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATGCCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAGGTAATAACCCTAGAATc  <  1:2503732/100‑1 (MQ=255)
                                                                                     ttGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAGGTAATAACCCTAGAATc  <  1:612933/100‑1 (MQ=255)
                                                                                     ttGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAGGTAATAACCCTAGAATc  <  1:5429097/100‑1 (MQ=255)
                                                                                     ttGTGATAAATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAGGTAATAACCCTAGAATc  <  1:5070555/100‑1 (MQ=255)
                                                                                             |                                                                                           
GGAAAAGACGTTTTGTCTTTGTTAATCCGCTTAAAACAACTTCTTTAACACTTGCTGGGAAACCTGAATTAAAGGCATTTGCTTTTTGTGATACATAGCTTAATTTAATTGATGTTTTCTTATTTTTAAAATCAATACCTTCAACAAAAATCTCACCACTTTGTAAAGGTAATAACCCTAGAATC  >  NC_007793/1666551‑1666735

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑