Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	1,644,224	C→T	intergenic (‑201/+194)	SAUSA300_RS08130 ← / ← SAUSA300_RS08135	hypothetical protein/elongation factor P

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	1,644,224	0	C	T	100.0%	62.0 / NA	24	intergenic (‑201/+194)	SAUSA300_RS08130/SAUSA300_RS08135	hypothetical protein/elongation factor P
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/24);  total (0/24)

TTAAAAATTTTATGCATTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTCTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAATTAGACGATTCGTTTTATATTTTAAAAATTATTTTAAAAATAAAAAGCCTCATATCAGCATATA  >  NC_007793/1644130‑1644317                                                                                               |                                                                                              ttAAAAATTTTATGCATTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTc                                                                                          <  1:3745919/100‑1 (MQ=255) ttAAAAATTTTATGCATTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTc                                                                                          <  1:4257674/100‑1 (MQ=255)       aTTTTATGCTTTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCt                                                                                    <  1:5682615/100‑1 (MQ=255)       aTTTTATGCATTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCt                                                                                    <  1:2146960/100‑1 (MQ=255)       aTTTTATGCATTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCt                                                                                    <  1:3710863/100‑1 (MQ=255)       aTTTTATGCATTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCt                                                                                    <  1:4181815/100‑1 (MQ=255)       aTTTTATGCATTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCt                                                                                    <  1:4403839/100‑1 (MQ=255)        ttttATGCATTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCtg                                                                                   <  1:2048751/100‑2 (MQ=255)                       tAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTAcc                                                                    <  1:2104003/100‑1 (MQ=255)                        aaaCATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCa                                                                   <  1:1498957/100‑1 (MQ=255)                        aaaCATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCa                                                                   <  1:3589480/100‑1 (MQ=255)                         aaCATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCat                                                                  <  1:656139/100‑2 (MQ=255)                          aCATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCaag                                                                 <  1:2265982/100‑2 (MQ=255)                           cATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCaagg                                                                <  1:5640214/100‑3 (MQ=255)                           cATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAAtt                                                                <  1:948294/100‑1 (MQ=255)                           cATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAAtt                                                                <  1:5301350/100‑1 (MQ=255)                           cATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAAtt                                                                <  1:4449302/100‑1 (MQ=255)                           cATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAAtt                                                                <  1:1989310/100‑1 (MQ=255)                           cATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAAtt                                                                <  1:1328154/100‑1 (MQ=255)                           cATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGAGATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTGTTTCACTACCAAtt                                                                <  1:5508916/100‑1 (MQ=255)                                       aTTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAATTAGACGATTCGtt                                                    <  1:4935615/100‑1 (MQ=255)                                          tttATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTTTACTCATGCCTATGTTTTTTCACTACCAATTAGACGATTCGTTTta                                                 <  1:616957/100‑1 (MQ=255)                                                                                       atataCCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAATTAGACGATTCGTTTTATATTTTAAAAATTATTTTAAAAATAAAAAGCCTCATATCAGCata    <  1:118355/100‑1 (MQ=255)                                                                                         ataCCTTTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAATTAGACGATTCGTTTTATATTTTAAAAATTATTTTAAAAATAAAAAGCCTCATATCAGCatagc  <  1:2576051/100‑3 (MQ=255)                                                                                               |                                                                                              TTAAAAATTTTATGCATTCAGTTAAACATATCAATGTTATTTTTATTAGCTATTATGTTTTATCCTCAACAATATGATATGTAGATATATACCTCTACTCATGTCTATGTTTTTTCACTACCAATTAGACGATTCGTTTTATATTTTAAAAATTATTTTAAAAATAAAAAGCCTCATATCAGCATATA  >  NC_007793/1644130‑1644317

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑