| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,277,641 | T→A | T420T (ACT→ACA) | SAUSA300_RS06290 → | translation initiation factor IF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,277,641 | 0 | T | A | 99.4% | 450.0 / ‑4.8 | 157 | T420T (ACT→ACA) | SAUSA300_RS06290 | translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (149/7); total (150/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GCTGAATTAGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTG > NC_007793/1277549‑1277737 | gAATTAGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTAAAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGCAGTTGGTAATACATACGGCCGTa > 1:505227/1‑100 (MQ=255) aaaTCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCac < 1:4268884/100‑2 (MQ=255) aaTCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAAt < 1:3585537/100‑1 (MQ=255) cccGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTACagatcg > 1:1195235/3‑95 (MQ=255) cACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGt > 1:1172287/1‑100 (MQ=255) cACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGt > 1:1490294/1‑100 (MQ=255) cGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGttt > 1:487570/1‑99 (MQ=255) cGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTa < 1:1475442/100‑1 (MQ=255) ttGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTaa > 1:2804105/2‑100 (MQ=255) gTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTaa > 1:4474713/1‑100 (MQ=255) atGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTaa > 1:5770979/2‑100 (MQ=255) tGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAAt > 1:2661665/1‑100 (MQ=255) tGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATCAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAAt > 1:2791054/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 1:4903751/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 1:5603516/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 1:4564154/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 1:3784348/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 1:857536/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 1:3149440/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 1:1971570/1‑100 (MQ=255) ctCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGCGATGCGATTGTAGTTGGCAATACATACGGCCGCATCCGTGCAATGGTTAATGACTTa > 1:3668833/2‑100 (MQ=255) gCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTc > 1:4145125/1‑100 (MQ=255) gCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTc > 1:1549197/1‑100 (MQ=255) catTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAg < 1:4239421/100‑1 (MQ=255) catTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAg > 1:296941/1‑100 (MQ=255) gtgctaGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGaa > 1:3913682/5‑100 (MQ=255) gtgcaGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAAt > 1:2933064/5‑100 (MQ=255) gtaGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCa > 1:1252336/2‑100 (MQ=255) aGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAACGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaaa > 1:4713206/1‑100 (MQ=255) aaCGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTg > 1:4796874/1‑100 (MQ=255) cGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGt > 1:2478404/1‑100 (MQ=255) ggTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTc > 1:2212903/1‑100 (MQ=255) aCATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCAt > 1:796522/1‑100 (MQ=255) tAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAAc > 1:2942076/1‑100 (MQ=255) taaTGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAACGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACg > 1:603021/2‑100 (MQ=255) aaaTGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACg > 1:1430572/1‑100 (MQ=255) aaTGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGc > 1:2036994/1‑100 (MQ=255) aaTGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGc > 1:5345977/1‑100 (MQ=255) aaTGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGc > 1:644130/1‑100 (MQ=255) ctGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGcc > 1:1453241/2‑100 (MQ=255) tGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCt > 1:735745/1‑100 (MQ=255) tatGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTg > 1:1647319/3‑100 (MQ=255) gTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTg > 1:4639371/1‑100 (MQ=255) ttGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATAGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGt > 1:2036668/1‑100 (MQ=255) ctGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGt > 1:3386615/2‑100 (MQ=255) ctGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGt > 1:3385610/2‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCGAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCCGtt > 1:5318644/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:2009529/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:1340722/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:3733960/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:79530/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:5513427/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:4846425/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:5251889/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:196788/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGAAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:5415033/1‑100 (MQ=255) ggTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg > 1:3531965/1‑100 (MQ=255) ggTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg > 1:5155486/1‑100 (MQ=255) ggTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg > 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aTGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTATAAGACTCACATCGGCTGGTACATCAACGCCTGTTGaact > 1:3303191/1‑98 (MQ=255) tGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAAtt > 1:2756807/1‑100 (MQ=255) gCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTa > 1:372778/1‑100 (MQ=255) gCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTa > 1:514496/1‑100 (MQ=255) gCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTa > 1:4784805/1‑100 (MQ=255) gCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTa > 1:1804440/1‑100 (MQ=255) aTTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAg > 1:5409915/1‑100 (MQ=255) aTTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAg > 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ttagccatacatacGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTaa > 1:5646503/7‑100 (MQ=255) ttGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAACTTACAGGTATTaa > 1:185986/1‑100 (MQ=255) ttGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTaa > 1:3506015/1‑100 (MQ=255) tGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAat > 1:3105684/1‑100 (MQ=255) ggTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatg > 1:2492934/1‑100 (MQ=255) ggTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatg > 1:1155223/1‑100 (MQ=255) ggTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatg > 1:1842079/1‑100 (MQ=255) ggTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGCTGAAATTACAGGTATTAatg > 1:324957/1‑100 (MQ=255) accatacatacGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatga > 1:2544328/4‑100 (MQ=255) tatacatacGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:3017793/2‑100 (MQ=255) gctACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:2600727/3‑100 (MQ=255) gctACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:1859448/3‑100 (MQ=255) gatacatacGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:2285214/2‑100 (MQ=255) agcaCTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:4830772/4‑100 (MQ=255) aaTACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:1757714/1‑100 (MQ=255) aaTACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:4832356/1‑100 (MQ=255) atacatacGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGAtgt > 1:566062/1‑100 (MQ=255) atacatacGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGAtgt > 1:2242132/1‑100 (MQ=255) tACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGAtgtg > 1:5378623/1‑100 (MQ=255) | GCTGAATTAGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTG > NC_007793/1277549‑1277737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |