| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007793 | 1,090,055 | T→C | I136I (ATT→ATC) | SAUSA300_RS05355 → | pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,090,055 | 0 | T | C | 99.8% | 1216.5 / NA | 440 | I136I (ATT→ATC) | SAUSA300_RS05355 | pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (426/13); total (427/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 443 total aligned reads displayed.
GTTCAGGCGGTACTAAAACTGCACCTGTAACAATTCGTAGCCCATTTGGTGGTGGCGTACACACACCAGAATTACACGCAGATAACTTAGAAGGTATTTTAGCTCAATCTCCAGGTCTAAAGGTTGTTATTCCTTCAGGCCCATACGATGCGAAAGGTTTATTAATTTCTTCTATTAGAAGTAATGACCCAGT > NC_007793/1089958‑1090150 | gatctggCTGTACTAAAACTGCACCTGTAACAATTCGTAGCCCATTTGGTGGTGGCGTACACACACCAGAATTACACGCAGATAACTTAGAAGGTAtctt < 1:3216759/95‑1 (MQ=255)gTTCAGGCGGTACTAAAACTGCACCTGTAACAATTCGTAGCCCATTTGGTGGTGGCGTACACACACCAGAATTACACGCAGATAACTTAGAAGGTAtctt > 1:1352235/1‑100 (MQ=255)gTTCAGGCGGTACTAAAACTGCACCTGTAACAATTCGTAGCCCATTTGGTGGTGGCGTACACACACCAGAATTACACGCAGATAACTTAGAAGGTAtctt < 1:2881627/100‑1 (MQ=255) ggCGGTACTAAAACTGCACCTGTAACAATTCGTAGCCCATTTGGTGGTGGCGTACACGCACCAGAATTACACGCAGATAACTTAGAAGGTATCTTAGCTc > 1:445931/1‑100 (MQ=255) ggCGGTACTAAAACTGCACCTGTAACAATTCGTAGCCCATTTGGTGGTGGCGTACACACACCAGAATTACACGCAGATAACTTAGAAGGTATCTTAGCTc > 1:1775034/1‑100 (MQ=255) ggCGGTACTAAAACTGCACCTGTAACAATTCGTAGCCCATTTGGTGGTGGCGTACACACACCAGAATTACACGCAGATAACTTAGAAGGTATCTTAGCTc > 1:5641867/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |