| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,069,644 | C→T | P71S (CCA→TCA) | SAUSA300_RS05245 → | phosphoribosylamine‑‑glycine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,069,644 | 0 | C | T | 99.7% | 1775.7 / ‑5.8 | 591 | P71S (CCA→TCA) | SAUSA300_RS05245 | phosphoribosylamine‑‑glycine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (575/13); minor base A (2/0); total (578/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 593 total aligned reads displayed.
ACCTATAGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTCCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGCT > NC_007793/1069547‑1069740 | ccataGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGa > 1:4151866/3‑100 (MQ=255) cTATAGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGa > 1:2155420/1‑100 (MQ=255) atctaGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTACAGa > 1:1459093/4‑100 (MQ=255) acataGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGACTCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGa > 1:5183525/3‑100 (MQ=255) cataGTTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGaa > 1:4091043/2‑100 (MQ=255) ataGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAAc > 1:5794624/1‑100 (MQ=255) taGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGTTTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACa > 1:4387870/1‑100 (MQ=255) ccgCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACa > 1:5289108/3‑100 (MQ=255) gAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGc > 1:4759100/1‑100 (MQ=255) aGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTa > 1:3844850/1‑100 (MQ=255) tACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAAt > 1:4665834/1‑100 (MQ=255) tACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAAt > 1:3405046/1‑100 (MQ=255) tACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAAt > 1:4348722/1‑100 (MQ=255) tACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAAt > 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catcaAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAg > 1:3355216/1‑100 (MQ=255) ttcaAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGc > 1:1364889/2‑100 (MQ=255) tcaAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCg < 1:1849502/100‑1 (MQ=255) caAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGa > 1:1769404/1‑100 (MQ=255) caAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGa > 1:28015/1‑100 (MQ=255) caAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACAAGCGa > 1:378621/1‑100 (MQ=255) tgtgccTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATgg > 1:876533/6‑100 (MQ=255) caTACTAGATTTTGCTAAGCGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGt > 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ctccAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCaa > 1:5510465/4‑100 (MQ=255) cgCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCaaa > 1:1001415/2‑100 (MQ=255) taaaTGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATaa > 1:421086/2‑100 (MQ=255) ttGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATaagca > 1:4456369/2‑100 (MQ=255) attGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATaagcaag > 1:754113/2‑100 (MQ=255) tGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAagcacgca > 1:4996524/1‑100 (MQ=255) tGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAagcaagca > 1:3828498/1‑100 (MQ=255) tGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAagcaagca > 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aGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGc > 1:4889699/1‑100 (MQ=255) aGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAACTCaagatcggaag > 1:1177328/1‑91 (MQ=255) aGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGCTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGc > 1:1055591/1‑100 (MQ=255) ggTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGCt > 1:4802823/1‑100 (MQ=255) | ACCTATAGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTCCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGCT > NC_007793/1069547‑1069740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |