| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,069,320 | A→G | S463G (AGT→GGT) | purH → | bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/inosine monophosphate cyclohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,069,320 | 0 | A | G | 99.6% | 3787.8 / ‑4.0 | 1390 | S463G (AGT→GGT) | purH | bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/inosine monophosphate cyclohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/0); new base G (1366/18); total (1372/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1399 total aligned reads displayed.
CAATGATCATGTAGCGTTAGTATCTGATGGATTTTTCCCTATGGGAGATACAGTTGAACTTGCAGCACAACATGGTATAAAGGCAATTATCCAACCGAGTGGTTCGATTAAAGATCAAGATTCAATTGATATGGCTAATAAACATGGTATTGCAATGGTAGTCACAGGCACTCGACATTTTAAACACTAATTTTAAA > NC_007793/1069223‑1069419 | cAATGATCATGTAGCGTTAGTATCTGATGGATTTTTCCCTATGGGAGATACAGTTGAACTTGCAGCACAACATGGTATAAAGGCAATTATCCAACCGGGt > 1:4261966/1‑100 (MQ=255)cAATGATCATGTAGCGTTAGTATCTGATGGATTTTTCCCTATGGGAGATACAGTTGAACTTGCAGCACAACATGGTATAAAGGCAATTATCCAACCGGGt > 1:88399/1‑100 (MQ=255)cAATGATCATGTAGCGTTAGTATCTGATGGATTTTTCCCTATGGGAGATACAGTTGAACTTGCAGCACAACATGGTATAAAGGCAATTATCCAACCGGGt > 1:2023862/1‑100 (MQ=255)cAATGATCATGTAGCGTTAGTATCTGATGGATTTTTCCCTATGGGAGATACAGTTGAACTTGCAGCACAACACGGTATAAAGGCAATTATCCAACCGGGt > 1:1083980/1‑100 (MQ=255) tGATCATGTAGCGTTAGTATCTGATGGATTTTTCCCTATGGGAGATACAGTTGAACTTGCAGCACAACATGGTATAAAGGCAATTATCCAACCGggtggt > 1:1623901/1‑100 (MQ=255) gATCATGTAGCGTTAGTATCTGATGGATTTTTCCCTATGGGAGATACAGTTGAACTTGCAGCACAACATGGTATAAAGGCAATTATCCAACCGGGTGGtt > 1:2812237/1‑100 (MQ=255) 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caCCGGGTGGTTCGATTAAAGATCAAGATCCAATTGATATGGCTAATAAACATGGTATTGCAATGGTAGTCACAGGCACTCGACATTTTAAACACTAAtt > 1:3046200/2‑100 (MQ=255) aCCGGGTGGTTCGATTAAAGATCAAGATTCAATTGATATGGCTAATAAACATGGTATTGCAATGGTAGTCACAGGCACTCGACATTTTAAACACTAAttt > 1:5201434/1‑100 (MQ=255) aCCGGGTGGTTCGATTAAAGATCAAGATTCAATTGATATGGCTAATAAACATGGTATTGCAATGGTAGTCACAGGCACTCGACATTTTAAACACTAAttt > 1:4094688/1‑100 (MQ=255) ccGGGTGGTTCGATTAAAGATCAAGATTCAATTGATATGGCTAATAAACATGGTATTGCAATGGTAGTCACAGGCACTCGACATTTTAAACACTAAtttt > 1:4201981/1‑100 (MQ=255) | CAATGATCATGTAGCGTTAGTATCTGATGGATTTTTCCCTATGGGAGATACAGTTGAACTTGCAGCACAACATGGTATAAAGGCAATTATCCAACCGAGTGGTTCGATTAAAGATCAAGATTCAATTGATATGGCTAATAAACATGGTATTGCAATGGTAGTCACAGGCACTCGACATTTTAAACACTAATTTTAAA > NC_007793/1069223‑1069419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |