Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	1,027,238	C→T	P64S (CCA→TCA)	SAUSA300_RS05040 →	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	1,027,238	0	C	T	100.0%	110.4 / NA	39	P64S (CCA→TCA)	SAUSA300_RS05040	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (39/0);  total (39/0)

TATGAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCCCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTGAAGAAGAATTTTATCATACATATAACGAATTAATTGTTAA  >  NC_007793/1027151‑1027314                                                                                        |                                                                             tATGAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCAttaaatttaa                                                                  >  1:3714870/1‑100 (MQ=255)  ctgcagggATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCAttaaatttaaa                                                                 >  1:4055867/8‑100 (MQ=255)  ctGAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCAttaaatttaaa                                                                 >  1:1551068/2‑100 (MQ=255)  aTGAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCAttaaatttaaa                                                                 >  1:886476/1‑100 (MQ=255)   ctaGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCAttaaatttaaat                                                                >  1:3401200/3‑100 (MQ=255)    taGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaata                                                               >  1:5746532/2‑100 (MQ=255)    gAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaata                                                               >  1:5224667/1‑100 (MQ=255)    acgCAGATGGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaata                                                               >  1:455836/3‑100 (MQ=255)     cgCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaataa                                                              >  1:2532238/2‑100 (MQ=255)     cgCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaataa                                                              >  1:4380802/2‑100 (MQ=255)     aGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaataa                                                              >  1:3745979/1‑100 (MQ=255)       ctgATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAAc                                                            >  1:2378234/3‑100 (MQ=255)       cacgtAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAAc                                                            >  1:3458768/5‑100 (MQ=255)         gATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAACTGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACtt                                                          >  1:4179105/1‑100 (MQ=255)            agagCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaat                                                       >  1:4737781/1‑100 (MQ=255)             tagCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaata                                                      >  1:2755659/2‑100 (MQ=255)              agCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaataa                                                     >  1:141436/1‑100 (MQ=255)              agCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaataa                                                     >  1:4618457/1‑100 (MQ=255)              agCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaataa                                                     >  1:5055182/1‑100 (MQ=255)              agCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaataa                                                     >  1:1633148/1‑100 (MQ=255)               tgcAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTaataat                                                    >  1:2322339/3‑100 (MQ=255)               gCCAACTATAGAAGTCGAAGATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTaataat                                                    >  1:3733853/1‑100 (MQ=255)               gCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTaataat                                                    >  1:5297561/1‑100 (MQ=255)               gCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTaataat                                                    >  1:5472899/1‑100 (MQ=255)               gCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTaataat                                                    >  1:1942904/1‑100 (MQ=255)                ccAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAAtt                                                   >  1:3011303/1‑100 (MQ=255)                 cAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAAttt                                                  >  1:953197/1‑100 (MQ=255)                  caCTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTta                                                 >  1:4512951/2‑100 (MQ=255)                    cTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTtata                                               >  1:2252027/1‑100 (MQ=255)                      ataGAAGTCGAAAGTGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATg                                             >  1:2568587/1‑100 (MQ=255)                      ataGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATg                                             >  1:3479125/1‑100 (MQ=255)                      ataGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATg                                             >  1:5419665/1‑100 (MQ=255)                      ataGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATg                                             >  1:1137829/1‑100 (MQ=255)                      ataGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAAATATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATg                                             >  1:3718440/1‑100 (MQ=255)                        aGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGtt                                           >  1:578856/1‑100 (MQ=255)                              cGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTGTATGTTgaagaa                                     >  1:3716714/1‑100 (MQ=255)                                    tGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTGAAGAAGAAttt                               >  1:311975/1‑100 (MQ=255)                                                         aaaTGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTGAAGAAGAATTTTATCATACATATAACGaatta          >  1:335970/1‑100 (MQ=255)                                                                 tgtgctttGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTGAAGAAGAATTTTATCATACATATAACGAATTAATTGTTaa  >  1:4397076/7‑100 (MQ=255)                                                                                        |                                                                             TATGAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCCCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTGAAGAAGAATTTTATCATACATATAACGAATTAATTGTTAA  >  NC_007793/1027151‑1027314

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑