Predicted mutation
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RA	NC_007793	862,125	T→G	intergenic (+176/‑45)	SAUSA300_RS04165 → / → SAUSA300_RS04170	clumping factor A/coagulase

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*	NC_007793	862,125	0	T	G	97.6%	106.8 / ‑3.0	42	intergenic (+176/‑45)	SAUSA300_RS04165/SAUSA300_RS04170	clumping factor A/coagulase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base G (41/0);  minor base . (1/0);  total (42/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01

TGGCTTGGCGAAAAAATAGGGTGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATCACAA  >  NC_007793/862104‑862220                      |                                                                                                tgtgttggcGAAAAAATAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTgggtg                   >  1:3335587/5‑98 (MQ=255) atgtgtggcGAAAAAATAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAg                   >  1:4583061/6‑100 (MQ=255)  ttgatggcGAAAAAATAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGc                  >  1:4460689/5‑100 (MQ=255)   tcttggcGAAAAAATAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCa                 >  1:2719490/2‑100 (MQ=255)   atgtggcGAAAAAATAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCa                 >  1:1019132/4‑100 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑