Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	829,334	C→T	intergenic (+550/‑112)	SAUSA300_RS04005 → / → SAUSA300_RS04010	ABC‑ATPase UvrA/HPr kinase/phosphorylase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	829,334	0	C	T	100.0%	54.5 / NA	20	intergenic (+550/‑112)	SAUSA300_RS04005/SAUSA300_RS04010	ABC‑ATPase UvrA/HPr kinase/phosphorylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (16/4);  total (16/4)

TGATTTTTGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAACAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGTAGATTGGTGTTATATTTTTGATATGATAAGAAGAG  >  NC_007793/829243‑829408                                                                                            |                                                                           tGATTTTTGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGa                                                                    >  1:3274896/1‑100 (MQ=255)       ttGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAAtt                                                              >  1:4354524/1‑100 (MQ=255)       ttGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAAtt                                                              >  1:1848148/1‑100 (MQ=255)       ttGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAAtt                                                              >  1:4303376/1‑100 (MQ=255)       ttGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAAtt                                                              >  1:347260/1‑100 (MQ=255)       ttGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAAtt                                                              >  1:4176216/1‑100 (MQ=255)        tGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTa                                                             >  1:5386520/1‑100 (MQ=255)        tGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTa                                                             >  1:2950363/1‑100 (MQ=255)                     gaTGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAg                                                >  1:3961843/2‑100 (MQ=255)                        ggCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCtt                                             >  1:678145/1‑100 (MQ=255)                                gAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGt                                     >  1:3492394/1‑100 (MQ=255)                                gAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGt                                     >  1:4696318/1‑100 (MQ=255)                                gAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGt                                     >  1:5004949/1‑100 (MQ=255)                                gAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGt                                     >  1:527600/1‑100 (MQ=255)                                   ccgtGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGTAgc                                  <  1:237462/97‑2 (MQ=255)                                       gTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGTAGATTgg                              >  1:1415478/1‑100 (MQ=255)                                             tAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGTAGATTGGTGTtat                        >  1:5044308/1‑100 (MQ=255)                                                 caagcaaTAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGTAGATTGGTGTTatatgg                    <  1:3860143/100‑3 (MQ=255)                                                                 gattgatATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGTAGATTGGTGTTATATTTTTGATATGATgtgaag    <  1:1241393/100‑1 (MQ=255)                                                                   ttgatATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGTAGATTGGTGTTATATTTTTGATATGATAAGGagag  <  1:1746774/100‑1 (MQ=255)                                                                                            |                                                                           TGATTTTTGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAACAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGTAGATTGGTGTTATATTTTTGATATGATAAGAAGAG  >  NC_007793/829243‑829408

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑