| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 780,361 | A→T | I334F (ATT→TTT) | SAUSA300_RS03785 → | heme ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 780,361 | 0 | A | T | 99.1% | 316.2 / ‑4.8 | 107 | I334F (ATT→TTT) | SAUSA300_RS03785 | heme ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (103/3); total (104/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AGACGATAAAGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTAATTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAAACAACACTCTTAAATATTT > NC_007793/780264‑780451 | cgACGATAAAGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTAttt > 1:4347864/2‑100 (MQ=255)aGACGATAAAGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTAttt > 1:5018937/1‑100 (MQ=255) gACGATAAAGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTg > 1:3731493/1‑100 (MQ=255) gACGATAAAGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTg > 1:1657061/1‑100 (MQ=255) aCGATAAAGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGa > 1:4351274/1‑100 (MQ=255) aCGATAAAGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGATCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGa > 1:5147822/1‑100 (MQ=255) agATAAAGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGaa > 1:371361/2‑100 (MQ=255) gaaaGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACAt > 1:808266/2‑100 (MQ=255) aaaGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATc > 1:963214/1‑100 (MQ=255) aaGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAGCATCt < 1:3204019/100‑1 (MQ=255) aGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTg > 1:4641114/1‑100 (MQ=255) tGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCaa > 1:5545076/1‑100 (MQ=255) tATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAg > 1:1488347/1‑100 (MQ=255) cttCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAgg > 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acaGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGAGAGCGTa > 1:1811727/3‑100 (MQ=255) tAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAt > 1:5160307/1‑100 (MQ=255) tAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAt > 1:3521152/1‑100 (MQ=255) tAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGCATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAgatcgg > 1:5162482/1‑95 (MQ=255) tAGGGAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAGAGGTGAgatcgg > 1:5195001/1‑95 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTGAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:4284039/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAGGGTGAgatcgga > 1:5265834/1‑94 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAgatcgga > 1:3744010/1‑94 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:4262944/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:3033519/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:4247689/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:3894061/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:2972750/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:2854879/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:4664116/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:1597357/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:4698303/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:1098918/1‑100 (MQ=255) aGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTAtt > 1:2384274/1‑100 (MQ=255) agTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTg > 1:1831575/2‑100 (MQ=255) aacaaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTg > 1:3484562/4‑100 (MQ=255) ctAAGCAAGTGTTCGAATTAGCAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATATGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTgg > 1:5536408/2‑100 (MQ=255) ctAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTgg > 1:4478320/2‑100 (MQ=255) atAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATATAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGaaagatcgga > 1:1677282/2‑91 (MQ=255) atAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTgg > 1:1742369/2‑100 (MQ=255) tAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgt > 1:3429095/1‑100 (MQ=255) tAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgt > 1:1667016/1‑100 (MQ=255) gaaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgt > 1:1446067/2‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGACGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:5529380/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAGAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:1864219/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:1202577/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:5367627/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:4358406/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:4592970/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:3887401/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:3856567/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:3808617/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:3226156/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:1440566/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:2260235/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:1230156/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:2694824/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:1210532/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:2991197/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGCATTGgtg > 1:429817/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATCCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:4679338/1‑100 (MQ=255) aaGCAAGTGTTCGAATTACAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtg > 1:5069251/1‑100 (MQ=255) aGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGgtgt > 1:4922614/1‑100 (MQ=255) gtTCGAATTAGAAGACTTATTAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCTAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTggg > 1:5414322/1‑100 (MQ=255) gtTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTggg > 1:2450005/1‑100 (MQ=255) cGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCa > 1:1920689/1‑100 (MQ=255) tAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATgg > 1:2336836/1‑100 (MQ=255) tAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTACTGGCGTTGTTGGGCTAAATgg > 1:3119765/1‑100 (MQ=255) tgaagaCTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGa > 1:4363937/2‑100 (MQ=255) agaagaCTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGCTGTTGGGCCAAATGGa > 1:2659107/1‑100 (MQ=255) tATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTaa > 1:1824437/1‑100 (MQ=255) aTCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGAGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTaaa > 1:2035611/1‑100 (MQ=255) tCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAGCATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTaaaa > 1:1557274/1‑100 (MQ=255) taaaGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTACTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAaac > 1:5233698/2‑100 (MQ=255) cgaaGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCTAAATGGAGCTGGTAAaac > 1:1545342/3‑100 (MQ=255) 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1:1800861/1‑100 (MQ=255) aaGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGAGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAaacaa > 1:4529425/1‑100 (MQ=255) tggCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAaacaac > 1:2735655/2‑100 (MQ=255) aGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAaacaac > 1:1785381/1‑100 (MQ=255) aGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAaacaac > 1:5249922/1‑100 (MQ=255) aGGCTATTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAaacaac > 1:913677/1‑100 (MQ=255) aGGCTATTAATGATAAAGTACTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGAGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAaacaac > 1:1486865/1‑100 (MQ=255) aaTTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAAACAACActc > 1:2010038/2‑100 (MQ=255) aTTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAGATGGAGCTGGTAAAACAACActct > 1:4929082/1‑100 (MQ=255) aTTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAAACAACActct > 1:5647893/1‑100 (MQ=255) aTTAATGATAAAGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAAACAACActct > 1:926556/1‑100 (MQ=255) aaaGTATTATTTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAAACAACACTCTTAAATAttt > 1:5019113/1‑100 (MQ=255) | AGACGATAAAGGTGAATTGAATCTTGCTTATTCAAGATTAGGTAAGCAAGTGTTCGAATTAGAAGACTTATCAAAGGCTATTAATGATAAAGTATTAATTGAACATCTGACGGAAATTATTCAAAAAGGTGAGCGTATTGGTGTTGTTGGGCCAAATGGAGCTGGTAAAACAACACTCTTAAATATTT > NC_007793/780264‑780451 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |