| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 714,167 | G→A | intergenic (+390/‑66) | SAUSA300_RS03425 → / → SAUSA300_RS03430 | hypothetical protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 714,167 | 0 | G | A | 97.8% | 126.8 / ‑5.1 | 45 | intergenic (+390/‑66) | SAUSA300_RS03425/SAUSA300_RS03430 | hypothetical protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (44/0); total (45/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
AAAGCATAAATTTATAATTTTTTTAAATGTCATTGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGGCTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACATGATGATGAATAAAGAAGCAACAAAAATTGGA > NC_007793/714075‑714265 | taaGCATAAATTTATAATTTTTTTAAATGTCATTGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCaa > 1:5567197/2‑100 (MQ=255) aaGCATAAATTTATAATTTTTTTAAATGTCATTGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCaat > 1:4634830/1‑100 (MQ=255) aGCATAAATTTATAATTTTTTTAAATGTCATTGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCaatt > 1:3284347/1‑100 (MQ=255) gttATAATTTTTTTAAATGTCATTGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCa > 1:1107761/2‑100 (MQ=255) ataATTTTTTTAAATGTCATTGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTa > 1:4761501/1‑100 (MQ=255) cATTGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACtg > 1:295867/1‑100 (MQ=255) tttGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATCAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACtgt > 1:847177/2‑100 (MQ=255) ttGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACtgtg > 1:2226912/1‑100 (MQ=255) atGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACtgtg > 1:311711/2‑100 (MQ=255) tGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGc > 1:2544852/1‑100 (MQ=255) aaCGTGATAATGTGAATAGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGCTATAATGCACACTGTGCaa > 1:4290032/1‑100 (MQ=255) cGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCaaaa > 1:3509880/1‑100 (MQ=255) gATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTa > 1:3539304/1‑100 (MQ=255) gATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTa > 1:474801/1‑100 (MQ=255) agaaTGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGAGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATACTGCACACTGTGCAACATTaa > 1:2570369/3‑100 (MQ=255) tAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAag > 1:2667782/1‑100 (MQ=255) aaTGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGGCTTGCAATTAATTTTCAGTACGATATAATGCACACTGTGCAAAACTAagg > 1:5792651/1‑100 (MQ=255) aaTGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAagg > 1:5785952/1‑100 (MQ=255) aaTGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAagg > 1:5657668/1‑100 (MQ=255) aaTGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAagg > 1:165499/1‑100 (MQ=255) aaTGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAagg > 1:3957115/1‑100 (MQ=255) aaTGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAaga > 1:4573007/1‑99 (MQ=255) aTGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAagga > 1:3421956/1‑100 (MQ=255) gtgAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAaggagg > 1:3284742/1‑100 (MQ=255) gtgAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAaggagg > 1:4615413/1‑100 (MQ=255) gtgAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAaggagg > 1:2520902/1‑100 (MQ=255) gtgAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAaggagg > 1:1895769/1‑100 (MQ=255) gtgAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAaggagg > 1:868953/1‑100 (MQ=255) gtgAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAaggaga > 1:3116010/1‑99 (MQ=255) gtgAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAACTAaggaga > 1:5004627/1‑99 (MQ=255) gtgAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAAATAaggaga > 1:4531581/1‑99 (MQ=255) tgAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATGAaggagat > 1:713585/1‑98 (MQ=255) aaaTGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGATc > 1:1954756/2‑100 (MQ=255) aaTGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATAAAGGAGATcg > 1:2090717/1‑99 (MQ=255) ggATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCtatt > 1:4623476/1‑100 (MQ=255) gAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTca > 1:1249968/1‑100 (MQ=255) gAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAACTAAGGAGATcggaagagca > 1:2335964/1‑91 (MQ=255) gCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTcaca > 1:3248644/1‑100 (MQ=255) cctGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACatgatg > 1:3810534/3‑100 (MQ=255) agAAAAATAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACATGATGATGAATAaag > 1:884412/2‑100 (MQ=255) tAACCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACATGATGATGAATAAAGAAGcaag > 1:5157979/1‑99 (MQ=255) aaCCTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACATGATGATGAATAAAGAAGcaaca > 1:4110603/1‑100 (MQ=255) cTATGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACATGATGATGAATAAAGAAGCAACaaaa > 1:2078896/1‑100 (MQ=255) aTGCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACATGATGATGAATAAAGAAGCAACAAAAAt > 1:4368861/1‑100 (MQ=255) gCGACTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACATGATGATGAATAAAGAAGCAACAAAAATTg > 1:4023509/1‑100 (MQ=255) agCTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACATGATGATGAATAAAGAAGCAACAAAAATTGGa > 1:1736127/2‑100 (MQ=255) | AAAGCATAAATTTATAATTTTTTTAAATGTCATTGAACGTGATAATGTGAATGGATTGAGCAATTTTGAAAAAGTGAAAAATAACCTATGCGGCTTGCAATTAATTTTCAGTACGTTATAATGCACACTGTGCAAAATTAAGGAGGTCTATTATTCACATGATGATGAATAAAGAAGCAACAAAAATTGGA > NC_007793/714075‑714265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |