| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 673,027 | C→T | R265C (CGT→TGT) | SAUSA300_RS03215 → | Vitamin B12 ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 673,027 | 0 | C | T | 96.7% | 79.9 / ‑4.8 | 30 | R265C (CGT→TGT) | SAUSA300_RS03215 | Vitamin B12 ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (28/1); total (29/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
AATTTCGACGGAAGCTAAGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACACGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATTGATGAAGGATTAAAAGAATTAAGAGATGCAA > NC_007793/672936‑673108 | aaTTTCGACGGAAGCTAAGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGaa > 1:1258675/1‑100 (MQ=255) caaGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATggcaga > 1:1899352/2‑96 (MQ=255) aaaGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGtgat > 1:4814276/2‑100 (MQ=255) aaGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAATAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGtgatg > 1:4646015/1‑100 (MQ=255) aaGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGtgatg > 1:999730/1‑100 (MQ=255) aaGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGtgatg > 1:2168521/1‑100 (MQ=255) aaGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGtgatg > 1:2365972/1‑100 (MQ=255) aaGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGtgatg > 1:5538071/1‑100 (MQ=255) aaGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGtgatg > 1:3041012/1‑100 (MQ=255) cAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGt > 1:4700087/1‑100 (MQ=255) cAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGt > 1:3384976/1‑100 (MQ=255) aTCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCa > 1:746547/1‑100 (MQ=255) tCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCaa > 1:5205181/1‑100 (MQ=255) cAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAgatcggaa > 1:1345035/1‑93 (MQ=255) atatGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAgg > 1:5189363/1‑100 (MQ=255) atcatcAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGTGGATGAAGTATCAAGCCAAGGTCAACgaa > 1:2407722/1‑98 (MQ=255) atcatcAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTa > 1:4552949/1‑100 (MQ=255) atcatcAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTa > 1:4921200/1‑100 (MQ=255) tatcaAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTAtt > 1:1572400/2‑100 (MQ=255) catcaAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTAtt > 1:2609627/1‑100 (MQ=255) atcaAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATtg > 1:3260636/1‑100 (MQ=255) caAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATtgat > 1:3515606/1‑100 (MQ=255) caAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATtgat > 1:3743509/1‑100 (MQ=255) aaaaGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATTGATGAAg > 1:3527674/1‑100 (MQ=255) agagGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATTGATGAAGGAt > 1:3765597/1‑100 (MQ=255) atgTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATTGATGAAGGATTa > 1:2729257/3‑100 (MQ=255) aTAAAATTAATGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCTCGTATTGAGGAAGGATTAAAAGAATTAag < 1:5435884/100‑1 (MQ=255) gcttGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATTGATGAAGGATTAAAAGAACTAAGAGAtcgg > 1:2627430/4‑97 (MQ=255) taTGCTGTCAAGAATACACGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATTGATGAAGGATTAAAAGAGTTAAGAGAtcgga > 1:3290439/2‑96 (MQ=255) aaTGCTGTCAAGAATACATGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATTGATGAAGGATTAAAAGAATTAAGAGAtcgga > 1:971580/1‑96 (MQ=255) | AATTTCGACGGAAGCTAAGACAAGATCAGATTATATGGATATCATCAAAAAAAGAGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACACGTATTGAAGTTGTAAATGGTGATGAAGTATCAAGACCAGGTCCACGTATTGATGAAGGATTAAAAGAATTAAGAGATGCAA > NC_007793/672936‑673108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |