Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_007793 542,249 A→G A319A (GCA→GCG)  SAUSA300_RS02590 → stage V sporulation protein B

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_007793542,2490AG100.0% 117.5 / NA 44A319A (GCA→GCG) SAUSA300_RS02590stage V sporulation protein B
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (42/2);  total (42/2)

CTCTGTTAAGTGACGCAATTAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCAGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACGGT  >  NC_007793/542152‑542344
                                                                                                 |                                                                                               
gatctgtttgTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCggg                                                                                               <  1:242068/91‑1 (MQ=255)
ctctGTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCggg                                                                                               >  1:2882803/1‑100 (MQ=255)
  ctGTTAAGTGACGCAATCAAATTGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGaa                                                                                             >  1:5265239/1‑100 (MQ=255)
  ctGTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGaa                                                                                             <  1:4579352/100‑1 (MQ=255)
    tttAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGagat                                                                                           >  1:2020117/2‑97 (MQ=255)
    gTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCGGCGGGagat                                                                                           >  1:626364/1‑97 (MQ=255)
    gTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCgggtaga                                                                                           >  1:2866808/1‑96 (MQ=255)
    gTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGagat                                                                                           >  1:1809798/1‑97 (MQ=255)
    gTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGaaga                                                                                           >  1:3302298/1‑98 (MQ=255)
    gTTAAGTGACGCAATCAAAATCAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAGGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGagat                                                                                           >  1:5040177/1‑97 (MQ=255)
       caGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTAcagcagcagatcggaag                                                                                        >  1:3089181/2‑92 (MQ=255)
         gTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGagatcggaa                                                                                      >  1:4486546/1‑92 (MQ=255)
            gcGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATACGTCATTAAAGATT‑CGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGattaatt                                                                                  <  1:5170259/99‑1 (MQ=255)
            aCGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGaagatcggaaga                                                                                   >  1:394659/1‑90 (MQ=255)
             cGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGattaatt                                                                                  >  1:1426203/1‑100 (MQ=255)
              tcAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGCTTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGattaatta                                                                                 >  1:2640092/2‑100 (MQ=255)
                                                gTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTaa                                               >  1:4876492/1‑100 (MQ=255)
                                                 ctATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAg                                              >  1:2364336/2‑100 (MQ=255)
                                                   aTGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGAc                                            >  1:2819987/1‑100 (MQ=255)
                                                                                 taataaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTta              >  1:4377496/1‑100 (MQ=255)
                                                                                 taataaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTta              >  1:2865238/1‑100 (MQ=255)
                                                                                    caaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTatat           >  1:850465/2‑100 (MQ=255)
                                                                                    aaaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTatat           >  1:1295248/2‑100 (MQ=255)
                                                                                    aaaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTatat           >  1:402401/2‑100 (MQ=255)
                                                                                     atggaCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATg          >  1:3355266/5‑100 (MQ=255)
                                                                                     aaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATg          >  1:5293447/1‑100 (MQ=255)
                                                                                     aaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATg          >  1:5237895/1‑100 (MQ=255)
                                                                                     aaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATg          >  1:4120652/1‑100 (MQ=255)
                                                                                      aatACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGa         >  1:5382662/3‑100 (MQ=255)
                                                                                      aGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGa         >  1:2709558/1‑100 (MQ=255)
                                                                                      aGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGa         >  1:1233757/1‑100 (MQ=255)
                                                                                      aGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGa         >  1:1934136/1‑100 (MQ=255)
                                                                                      aGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGCGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGa         >  1:1052015/1‑100 (MQ=255)
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                                                                                           cgcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACg    >  1:5522814/2‑100 (MQ=255)
                                                                                           agcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACg    >  1:3008502/1‑100 (MQ=255)
                                                                                           agcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACg    >  1:2110447/1‑100 (MQ=255)
                                                                                           agcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACg    >  1:1341728/1‑100 (MQ=255)
                                                                                             cagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACGGt  >  1:4862942/1‑100 (MQ=255)
                                                                                             cagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACGGt  >  1:1496204/1‑100 (MQ=255)
                                                                                                 |                                                                                               
CTCTGTTAAGTGACGCAATTAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCAGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACGGT  >  NC_007793/542152‑542344

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑