| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 538,227 | A→T | E144V (GAG→GTG) | SAUSA300_RS02585 → | transcription‑repair coupling factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 538,227 | 0 | A | T | 97.7% | 120.4 / ‑4.3 | 43 | E144V (GAG→GTG) | SAUSA300_RS02585 | transcription‑repair coupling factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (42/0); total (43/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
AAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGA > NC_007793/538130‑538321 | caGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGAGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTgg > 1:5401716/2‑100 (MQ=255)aaGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGGCATTGCGTGTTGGTGTgg > 1:4463878/1‑100 (MQ=255) ccTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACCCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTc > 1:2530529/1‑100 (MQ=255) ggTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAAt > 1:5133444/1‑100 (MQ=255) tgTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAatat > 1:753747/2‑100 (MQ=255) aGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAatat > 1:1749735/1‑100 (MQ=255) taCTCCTGTTGAAATGTGGC‑AAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACa > 1:5285367/2‑100 (MQ=255) aaCTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTAc > 1:1590870/1‑100 (MQ=255) cccTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACaaa > 1:14867/2‑100 (MQ=255) accTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATCTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACaaa > 1:2044654/2‑100 (MQ=255) ccTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAAc > 1:3565678/1‑100 (MQ=255) gAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATTGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAAt > 1:717372/1‑100 (MQ=255) gtgGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTg > 1:1670930/1‑100 (MQ=255) tgGCAAAATCACCAAATGACATTGCGCGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTgg > 1:2407921/1‑100 (MQ=255) ccAAATGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATAtt > 1:1139627/1‑100 (MQ=255) ctgtGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTgg > 1:4523037/4‑100 (MQ=255) ttggACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGt > 1:4202357/4‑100 (MQ=255) aaTGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGt > 1:2572210/1‑100 (MQ=255) ctGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTg > 1:2589437/2‑100 (MQ=255) aTGACATTGCGTGTTGGTGTAGATATCGATGTGGACCAACTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTg > 1:619079/1‑100 (MQ=255) tGACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGa > 1:3305995/1‑100 (MQ=255) gACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGaa > 1:2028920/1‑100 (MQ=255) gACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGaa > 1:2272722/1‑100 (MQ=255) gACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGaa > 1:5006473/1‑100 (MQ=255) gACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGaa > 1:396616/1‑100 (MQ=255) gACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGaa > 1:3789479/1‑100 (MQ=255) gACATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGaa > 1:919650/1‑100 (MQ=255) cATTGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAAtt > 1:1082933/1‑100 (MQ=255) ctGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATtct > 1:3416438/2‑100 (MQ=255) tGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATtctc > 1:5706697/1‑100 (MQ=255) tGCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATtctc > 1:3710383/1‑100 (MQ=255) gCGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCa > 1:794570/1‑100 (MQ=255) ccGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCa > 1:1438075/2‑100 (MQ=255) cGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCAt > 1:965347/1‑100 (MQ=255) cGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCAt > 1:4015051/1‑100 (MQ=255) cGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCAt > 1:3479982/1‑100 (MQ=255) cGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCAt > 1:2784477/1‑100 (MQ=255) cGTGTTGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGAACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCAt > 1:5539110/1‑100 (MQ=255) ttGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCg > 1:2369180/1‑100 (MQ=255) atGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCg > 1:2423583/2‑100 (MQ=255) tGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCga > 1:284090/1‑100 (MQ=255) tGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCga > 1:2378975/1‑100 (MQ=255) tGGTGTGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCga > 1:96163/1‑100 (MQ=255) | AAGAAAGGGTTATTTATCGTTCCTTTAAATGGTTTGAAAAAGTGGTTAACTCCTGTTGAAATGTGGCAAAATCACCAAATGACATTGCGTGTTGGTGAGGATATCGATGTGGACCAATTTCTTAACAAATTAGTTAATATGGGGTACAAACGGGAATCCGTGGTATCGCATATTGGTGAATTCTCATTGCGA > NC_007793/538130‑538321 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |