| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 432,730 | C→T | intergenic (‑34/‑51) | SAUSA300_RS02035 ← / → SAUSA300_RS02040 | L‑cystine transporter tcyP/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 432,730 | 0 | C | T | 91.7% | 53.6 / ‑2.6 | 24 | intergenic (‑34/‑51) | SAUSA300_RS02035/SAUSA300_RS02040 | L‑cystine transporter tcyP/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (5/17); total (5/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
AATATTACGATGAAAATCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCCGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTCGACCGTTGGCATAA > NC_007793/432638‑432824 | aaTATTACGATGAAAATCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGt < 1:4232675/100‑1 (MQ=255)aaTATTACGATGAAAATCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGt < 1:4448059/100‑1 (MQ=255) cttccgatctaaaTCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATg < 1:2708582/90‑1 (MQ=255) tACGATGAAAATCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCt < 1:4002612/100‑1 (MQ=255) tACGATGAAAATCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCt < 1:3638401/100‑1 (MQ=255) aCGATGAAAATCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTTAAATTTTTGAATATAATTCCGA‑CTAGTATACTa < 1:2524142/100‑1 (MQ=255) aCGATGAAAATCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTa < 1:2580016/100‑1 (MQ=255) aCGATGAAAATCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTa < 1:4911614/100‑1 (MQ=255) tAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCa < 1:5506518/100‑1 (MQ=255) cAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAagag > 1:3206386/1‑100 (MQ=255) tgtAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGc < 1:4561894/100‑1 (MQ=255) tgtAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGc < 1:2830041/100‑1 (MQ=255) aTGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGt > 1:3811807/1‑100 (MQ=255) cctcAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGaa > 1:5482577/1‑100 (MQ=255) cctcAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGaa > 1:185990/1‑100 (MQ=255) cAAATTTTTGAATATAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAAtt > 1:2507089/1‑100 (MQ=255) gtgctcttCCGATCTAGT‑TGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTCGACCGTTggt < 1:5691498/94‑2 (MQ=255) atatAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTTGACCGTTGGc < 1:18273/100‑1 (MQ=255) atatAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTCGACCGTTGGc < 1:2522400/100‑1 (MQ=255) atatAATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTCGACCGTTGGc < 1:5367586/100‑1 (MQ=255) tataATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTCGACCGTTgcct < 1:236283/100‑4 (MQ=255) ataATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTCGACCGTTGGCAt < 1:2466438/100‑1 (MQ=255) taATTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTCGACCGTTGGCATa < 1:1471213/100‑1 (MQ=255) aaTTCTGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTCGACCGTTGGCATag < 1:1974168/100‑2 (MQ=255) | AATATTACGATGAAAATCACCAATACAATAATATTAATCAGTGTAAGAAAAGCATTCATGAACGTCACTCCTCAAATTTTTGAATATAATTCCGA‑CTAGTATGCTAAGAATAATATTAATTTTAAAATATTTCAAGAGGGCATTTGCAATTAAATGTAAACATGATGAAATTCGACCGTTGGCATAA > NC_007793/432638‑432824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |