Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	346,193	G→T	intergenic (+38/‑98)	SAUSA300_RS01555 → / → SAUSA300_RS01560	membrane protein/membrane protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	346,193	0	G	T	100.0%	143.3 / NA	49	intergenic (+38/‑98)	SAUSA300_RS01555/SAUSA300_RS01560	membrane protein/membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (49/0);  total (49/0)

CAATATTATTTAGTTGTTGGTTATTTATTTTGAATATGATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATG  >  NC_007793/346097‑346274                                                                                                 |                                                                                  aaaTATTATTTAGTTGTTGGTTATTTATTTTGAATATGATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTaaa                                                                                >  1:3572015/2‑100 (MQ=255)       tattTAGTAGTTGGTTATTTATTTTGAATATGATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATaa                                                                          >  1:5148193/1‑100 (MQ=255)            tgctgttgGTTATTTATTTTGAATATGATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAg                                                                     >  1:5629535/4‑100 (MQ=255)            aGTTGTTGGTTATTTATTTTGAATATGATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAg                                                                     >  1:4506344/1‑100 (MQ=255)                  tgGTTATTTATTTTGAATATGATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGtatata                                                               >  1:103235/1‑100 (MQ=255)                                            aTCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAGTTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAAtt                                     >  1:1630648/1‑100 (MQ=255)                                            aTCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAAtt                                     >  1:4588119/1‑100 (MQ=255)                                                             tGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTtaaataaa                    >  1:1119410/1‑100 (MQ=255)                                                               ctttACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAAtt                  >  1:2324731/3‑100 (MQ=255)                                                                tgtACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTg                 >  1:1719273/3‑100 (MQ=255)                                                                  tgcATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGaa               >  1:3517556/3‑100 (MQ=255)                                                                  tACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGaa               >  1:4202395/1‑100 (MQ=255)                                                                  tACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGaa               >  1:4157458/1‑100 (MQ=255)                                                                  tACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGaa               >  1:3629248/1‑100 (MQ=255)                                                                  tACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGCATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGaa               >  1:4488395/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAGATTGaaa              >  1:226697/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGaaa              >  1:5250339/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGaaa              >  1:3040228/1‑100 (MQ=255)                                                                   aCATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGaaa              >  1:1096437/1‑100 (MQ=255)                                                                    cATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAg             >  1:2326442/1‑100 (MQ=255)                                                                    cATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTAAAATAAATTGAAAg             >  1:4770106/1‑100 (MQ=255)                                                                     atatAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGGATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGa            >  1:3245749/1‑100 (MQ=255)                                                                      tataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGAc           >  1:5283513/1‑100 (MQ=255)                                                                      tataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGATAAATAAATTGAAAGAc           >  1:4101575/1‑100 (MQ=255)                                                                      gataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGAc           >  1:745897/2‑100 (MQ=255)                                                                       ttaGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACa          >  1:3077849/2‑100 (MQ=255)                                                                       ctaGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACa          >  1:3391388/2‑100 (MQ=255)                                                                       ataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACa          >  1:3473173/1‑100 (MQ=255)                                                                       ataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACa          >  1:593105/1‑100 (MQ=255)                                                                       ataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACa          >  1:3186380/1‑100 (MQ=255)                                                                       ataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACa          >  1:2000946/1‑100 (MQ=255)                                                                       ataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACa          >  1:3126859/1‑100 (MQ=255)                                                                       ataGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACa          >  1:3035088/1‑100 (MQ=255)                                                                        taGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACaa         >  1:1155868/1‑100 (MQ=255)                                                                        ggggTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACaa         >  1:5584910/3‑100 (MQ=255)                                                                         aGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACaaa        >  1:4492226/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACaaa        >  1:2482486/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACaaa        >  1:1747609/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACaaa        >  1:648606/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACaaa        >  1:3361512/1‑100 (MQ=255)                                                                         aGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTAAAAGACaaa        >  1:1491196/1‑100 (MQ=255)                                                                          tgtgtGGGTAACTTTTTATTTATTACCTTATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATCCCTTGAAAGACaaaa       >  1:3254036/2‑100 (MQ=17)                                                                             gtgGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAaataa    >  1:2693071/1‑100 (MQ=255)                                                                             gtgGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAaataa    >  1:1638905/1‑100 (MQ=255)                                                                              tgGGTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAaataat   >  1:2551584/1‑100 (MQ=255)                                                                               gggTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATg  >  1:4046393/1‑100 (MQ=255)                                                                               gggTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATg  >  1:507889/1‑100 (MQ=255)                                                                               gggTAAATTTTTATTTATTAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATg  >  1:1993056/1‑100 (MQ=255)                                                                               gggTAAATTTTTATTTAATAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATg  >  1:4855116/1‑100 (MQ=255)                                                                                                 |                                                                                  CAATATTATTTAGTTGTTGGTTATTTATTTTGAATATGATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGTGGGTAAATTTTTATTTATGAAATGATAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATG  >  NC_007793/346097‑346274

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑