| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,193,217 | (T)7→8 | intergenic (+68/‑331) | SAUSA300_RS05910 → / → SAUSA300_RS05915 | hypothetical protein/bifunctional protein PyrR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,193,210 | 1 | . | T | 97.6% | 120.7 / ‑3.9 | 42 | intergenic (+61/‑338) | SAUSA300_RS05910/SAUSA300_RS05915 | hypothetical protein/bifunctional protein PyrR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (41/0); total (42/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCG‑‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACATTTTTACTGAGTATGGTT > NC_007793/1193126‑1193272 | aCAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGaa > 1:4915407/1‑100 (MQ=255) cAATTGGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTAGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGaaa > 1:2025950/1‑100 (MQ=255) cGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAAcaca > 1:5756399/1‑100 (MQ=255) cagaTGCATAATTGTGCCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATaaa > 1:167160/2‑100 (MQ=255) agaTGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATaaaa > 1:3971544/1‑100 (MQ=255) tgtGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGGTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAAt > 1:5238418/3‑100 (MQ=255) taTGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAAt > 1:4517998/2‑100 (MQ=255) gaTGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAAt > 1:3581089/1‑100 (MQ=255) gaTGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAAt > 1:3989238/1‑100 (MQ=255) caTGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAAt > 1:486658/2‑100 (MQ=255) gtGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATa > 1:4546844/2‑100 (MQ=255) ctGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATa > 1:2793754/2‑100 (MQ=255) aTGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATa > 1:3399638/1‑100 (MQ=255) aTGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATa > 1:1557262/1‑100 (MQ=255) aTGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATa > 1:3828664/1‑100 (MQ=255) aTGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATa > 1:770314/1‑100 (MQ=255) tGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAg > 1:4112715/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:2660256/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:4143204/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:4390632/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:4456880/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:1130138/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:3242122/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:2097310/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:1723458/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:147264/1‑100 (MQ=255) gCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGa > 1:864754/1‑100 (MQ=255) 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tgtggCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGTTTTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTaa > 1:661235/5‑100 (MQ=255) cGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACa > 1:3039761/1‑100 (MQ=255) cGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACa > 1:2362221/1‑100 (MQ=255) cGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACa > 1:4984325/1‑100 (MQ=255) cGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACa > 1:1224439/1‑100 (MQ=255) cGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGCTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACa > 1:2409619/1‑100 (MQ=255) gTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCGT‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACAt > 1:2614922/1‑100 (MQ=255) aaCATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCG‑‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACATTTTTACTGAGTATGGtt > 1:5713475/1‑100 (MQ=255) | ACAATTCGAAAAAGAGATGCATAATTGTGTCGTGCTATAATTACGATAACATTATTATGTAAACTATAAGTGTTTATCGTTTTCG‑‑TTTTTTTAAATGAAAACACATTATAAAATAGATTAAGGTTAACATTTTTACTGAGTATGGTT > NC_007793/1193126‑1193272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |