| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,187,812 | (A)8→7 | intergenic (‑144/‑8) | SAUSA300_RS11135 ← / → SAUSA300_RS11140 | serine phosphatase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,187,805 | 0 | A | . | 96.0% | 271.3 / 4.3 | 76 | intergenic (‑137/‑15) | SAUSA300_RS11135/SAUSA300_RS11140 | serine phosphatase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/3); new base . (1/72); total (1/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
CTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTAAAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTAAA > NC_007793/2187706‑2187899 | cTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTa < 1:1410165/100‑1 (MQ=255)cTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTa < 1:1881040/100‑1 (MQ=255) ttAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCTCTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaa < 1:2585460/100‑1 (MQ=255) ttAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTat < 1:4232253/100‑2 (MQ=255) ttAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaa < 1:4535269/100‑1 (MQ=255) ttAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTCGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTag < 1:1804958/100‑2 (MQ=255) tAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaag < 1:4654893/100‑2 (MQ=255) tAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTaaa > 1:3588570/1‑100 (MQ=255) aTAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTa < 1:1397937/100‑1 (MQ=255) aTAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTa < 1:91240/100‑1 (MQ=255) aTAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGCCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTa < 1:5678487/100‑1 (MQ=255) aTAATTATGATTCACTTACTAACATTTATGTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTa < 1:2077208/100‑1 (MQ=255) tATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTAAAAAAAACTTTAGGAt < 1:508342/100‑1 (MQ=255) tATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATg < 1:1915182/100‑1 (MQ=255) aTGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCGATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATgg < 1:532733/100‑1 (MQ=255) aTGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAACCTTTAGGATgg < 1:1633567/100‑1 (MQ=255) aTGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATgg < 1:854022/100‑1 (MQ=255) tGATTCCCTTACTAACATTTATTTAATTGCCCTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATggg < 1:2674075/100‑2 (MQ=255) tGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATggt < 1:973711/100‑2 (MQ=255) tGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATggg < 1:2266196/100‑2 (MQ=255) aTTCACTTGCTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAAt < 1:4645240/100‑1 (MQ=255) aTTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATGCTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAAt < 1:1778673/100‑1 (MQ=255) aTTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATCCTTTTAAGCT‑AAAAAACCTTTAGGATGGaac < 1:2790707/100‑2 (MQ=255) aTTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATggcac < 1:4686036/100‑4 (MQ=255) aTTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAAt < 1:3055390/100‑1 (MQ=255) aTTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGCAGATGATACTTTTAAGCT‑‑AAAAAACTTTAGGATGGAATa < 1:5763176/100‑1 (MQ=255) cTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCtc < 1:1321170/100‑2 (MQ=255) aCTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAg > 1:504810/1‑100 (MQ=255) aaCATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCt < 1:5186456/100‑1 (MQ=255) aaCATTTATTTAATTGCACTTATCAAGTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCt < 1:5785133/100‑1 (MQ=255) atttatttAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTaaa < 1:5471583/100‑1 (MQ=255) ttaATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACtt < 1:1144596/100‑1 (MQ=255) ttaATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACtt < 1:3085872/100‑1 (MQ=255) ttaATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCCGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACtt < 1:2449331/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTAAAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACtt < 1:632393/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:949211/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:961873/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:4118115/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:3886089/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:3355213/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:2657303/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATAGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:5666828/100‑1 (MQ=255) taATTGCACTCATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:1453397/100‑1 (MQ=255) aaTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTAAAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTa < 1:1006977/100‑1 (MQ=255) aaTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTaa < 1:1045925/100‑1 (MQ=255) aaTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTaa < 1:5472420/100‑1 (MQ=255) aaTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGAAACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATTCCTAAAGCCTAAAAAACTTaa < 1:5434278/100‑1 (MQ=255) aTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTagt < 1:537270/100‑3 (MQ=255) aTTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAg < 1:4434161/100‑1 (MQ=255) tGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAACT‑AAAAAAACTTTAGGAGGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGAc < 1:1488711/100‑1 (MQ=255) aCTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAGACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACAtg < 1:889940/100‑2 (MQ=255) aCTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATc < 1:1639938/100‑1 (MQ=255) cTTACCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATcc < 1:3689161/100‑1 (MQ=255) ttATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCt < 1:636676/100‑1 (MQ=255) tATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCtg < 1:3601340/100‑2 (MQ=255) aTCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCttt < 1:3051061/100‑1 (MQ=255) tCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCtttt < 1:2828691/100‑1 (MQ=255) aaTTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTtat < 1:4031125/100‑1 (MQ=255) aTTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAGACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTtgta < 1:2508775/100‑1 (MQ=255) ttGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAata < 1:1065255/100‑1 (MQ=255) gCAACTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑‑AAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGa < 1:5109545/100‑1 (MQ=255) ttGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATc < 1:2333866/100‑1 (MQ=255) ttGCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATc < 1:5724618/100‑1 (MQ=255) gCTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCAt < 1:1543555/100‑1 (MQ=255) cTGTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCagg < 1:5159999/100‑3 (MQ=255) gTAGATGATACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAatacccctag < 1:2715953/100‑8 (MQ=255) gatgatACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTgg < 1:1622333/100‑1 (MQ=255) atgatACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGt < 1:5395905/100‑1 (MQ=255) atgatACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGt < 1:837828/100‑1 (MQ=255) atgatACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACGTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGt < 1:5616461/100‑1 (MQ=255) tgatACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGtt < 1:2985182/100‑2 (MQ=255) atACTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGtggg < 1:4434788/100‑4 (MQ=255) aCTTTTAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTg < 1:958114/100‑1 (MQ=255) cTTTTAAGCT‑AAAAAGACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTATATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGc < 1:4804484/100‑1 (MQ=255) ttttAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCt < 1:4206100/100‑1 (MQ=255) ttttAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCt < 1:4466416/100‑1 (MQ=255) tttAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAGGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTa < 1:1145757/100‑1 (MQ=255) tttAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTa < 1:5576455/100‑1 (MQ=255) tttAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTa < 1:4285699/100‑1 (MQ=255) tttAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTa < 1:1199096/100‑1 (MQ=255) tttAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTa < 1:3028749/100‑1 (MQ=255) ttAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTaa < 1:1275374/100‑1 (MQ=255) tAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTaag < 1:5433447/100‑2 (MQ=255) tAAGCT‑AAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTaaa < 1:4188778/100‑1 (MQ=255) | CTTAAGCAAGGATAATTATGATTCACTTACTAACATTTATTTAATTGCACTTATCAATTTTGTCGTTTGCAATTTTGCTGTAGATGATACTTTTAAGCTAAAAAAAACTTTAGGATGGAATACCTAAAGCCTAAAAAACTTAAGACATCCTTTTATAATAAAAAATATGAATATCATAACTGGTATTTGCTAAA > NC_007793/2187706‑2187899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |