Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	2,210,993	G→A	intergenic (‑113/+433)	SAUSA300_RS11260 ← / ← SAUSA300_RS11265	hypothetical protein/protein translocase component YidC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	2,210,993	0	G	A	100.0%	100.4 / NA	36	intergenic (‑113/+433)	SAUSA300_RS11260/SAUSA300_RS11265	hypothetical protein/protein translocase component YidC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (30/6);  total (30/6)

ATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGTTGCAATGTGTATTATGCCGTTGTGACGTT  >  NC_007793/2210898‑2211086                                                                                                |                                                                                              ctaGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGtt                                                                                           >  1:3745308/2‑100 (MQ=255) ataGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGtt                                                                                           >  1:1967404/1‑100 (MQ=255) ataGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGtt                                                                                           >  1:4773360/1‑100 (MQ=255) ataGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGtt                                                                                           >  1:3411918/1‑100 (MQ=255)   aGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTtat                                                                                         <  1:2743148/100‑1 (MQ=255)    tcccGATTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTtata                                                                                        >  1:3387135/3‑100 (MQ=255)       cGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGcc                                                                                     <  1:2684618/100‑1 (MQ=255)          tttGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAgg                                                                                  <  1:4142721/100‑1 (MQ=255)                  tgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAgatcggaaga                                                                          >  1:1040207/1‑91 (MQ=17)                  tgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAgagatcggaa                                                                          >  1:759256/1‑91 (MQ=17)                  tgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTACAGCCAgatcggaaga                                                                          >  1:2982751/1‑91 (MQ=17)                    atgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTg                                                                        >  1:4902919/1‑100 (MQ=255)                     tgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa                                                                       >  1:876944/1‑100 (MQ=255)                     tgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa                                                                       >  1:5521691/1‑100 (MQ=255)                     tgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa                                                                       >  1:4429028/1‑100 (MQ=255)                      ttcATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGAt                                                                      >  1:5317632/3‑100 (MQ=255)                      gCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGAt                                                                      >  1:4230934/1‑100 (MQ=255)                                   gATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTAc                                                         >  1:2746858/1‑100 (MQ=255)                                      gtgCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGAt                                                      >  1:5957335/1‑100 (MQ=255)                                         atGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCt                                                   >  1:1202234/2‑100 (MQ=255)                                           ggTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTAt                                                 >  1:2013404/1‑100 (MQ=255)                                             tGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa                                               >  1:2690108/1‑100 (MQ=255)                                                 aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtg                                           >  1:4897058/1‑100 (MQ=255)                                                 aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtg                                           >  1:4810074/1‑100 (MQ=255)                                                      gCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt                                      >  1:686148/1‑100 (MQ=255)                                                       tgACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGttgttg                                     <  1:2324203/99‑1 (MQ=255)                                                       gatcTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGttgttg                                     <  1:3270502/97‑1 (MQ=255)                                                             gATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACga                               >  1:3840466/1‑99 (MQ=255)                                                             gATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGt                               >  1:5371710/1‑100 (MQ=255)                                                             gATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGt                               >  1:1955670/1‑100 (MQ=255)                                                             gATGAAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGt                               >  1:3033188/1‑100 (MQ=255)                                                                gTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGTTGc                            >  1:702138/1‑100 (MQ=255)                                                                        atgatgTGGCGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGTTGCaaagatcg                    >  1:2697832/1‑94 (MQ=255)                                                                                 cGTTGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGTTGCAATGTGTATTATGCCGt           <  1:5964298/100‑1 (MQ=255)                                                                                   atGCGCTGTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCATTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGTTGCAATGTGCATTATGCCGTtg         >  1:1389706/2‑100 (MQ=255)                                                                                          gTTATGATGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGTTGCAATGTGTATTATGCCGTTGTGACGtt  >  1:2537564/1‑100 (MQ=255)                                                                                                |                                                                                              ATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGTTGCAATGTGTATTATGCCGTTGTGACGTT  >  NC_007793/2210898‑2211086

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑