Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	1,269,542	A→T	I18I (ATA→ATT)	polC →	DNA polymerase III subunit alpha

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	1,269,542	0	A	T	100.0%	152.5 / NA	46	I18I (ATA→ATT)	polC	DNA polymerase III subunit alpha
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (45/1);  total (45/1)

ATTTCTATTTAAGGTGGTAATTGTCTTGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATATCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTC  >  NC_007793/1269464‑1269627                                                                               |                                                                                      gacacgaTTTAAGGTGGTAATTGTCTTGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGaa                                                                  >  1:125161/7‑100 (MQ=255)       aTTTAAGGTGGTAATTGTCTTGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTa                                                            >  1:117681/1‑100 (MQ=255)                        tCTTGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGac                                           >  1:1799144/1‑100 (MQ=255)                         cTTGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGaca                                          >  1:882784/1‑100 (MQ=255)                         aactgCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGaca                                          >  1:5052392/5‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAGCTGACACg                                        >  1:3111841/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:4293955/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:3696224/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:5088609/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:5639395/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:5672302/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:2473734/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:2367538/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:1757670/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:879113/1‑100 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATCCAGgagatcggaagag                                        >  1:5959314/1‑91 (MQ=255)                           tGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGGGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTTAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGAAACg                                        >  1:835917/1‑100 (MQ=255)                           aggCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACg                                        >  1:5790412/2‑100 (MQ=255)                            ggCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGt                                       >  1:5958721/1‑100 (MQ=255)                            ggCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGt                                       >  1:687465/1‑100 (MQ=255)                            ggCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGt                                       >  1:765187/1‑100 (MQ=255)                            ggCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGt                                       >  1:4619098/1‑100 (MQ=255)                            ggCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGt                                       >  1:1917400/1‑100 (MQ=255)                            ggCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGt                                       >  1:2093156/1‑100 (MQ=255)                              cAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGtat                                     <  1:1177137/100‑1 (MQ=255)                               taTGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGtata                                    >  1:2063041/2‑100 (MQ=255)                               caTGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGtata                                    >  1:3163629/2‑100 (MQ=255)                                aTGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACGCGTATAg                                   >  1:2911478/1‑100 (MQ=255)                                aTGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAg                                   >  1:5673435/1‑100 (MQ=255)                                aTGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAg                                   >  1:4702336/1‑100 (MQ=255)                                  gACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGAt                                 >  1:5645516/1‑100 (MQ=255)                                  gACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGAt                                 >  1:5043802/1‑100 (MQ=255)                                     accgCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGAtcgg                              >  1:2199248/4‑97 (MQ=255)                                      ccgCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGttt                             >  1:3120582/3‑100 (MQ=255)                                      ccgCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGttt                             >  1:5990258/3‑100 (MQ=255)                                        gCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCt                           >  1:3551327/1‑100 (MQ=255)                                        gCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCt                           >  1:669424/1‑100 (MQ=255)                                        ccaacaaAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCt                           >  1:4291229/2‑100 (MQ=255)                                                      acgTGCTTGCTGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGGAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAAc             >  1:5099769/3‑100 (MQ=255)                                                          gcttgctGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTGGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACAAgg         >  1:3887589/1‑100 (MQ=255)                                                             tgctGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGag      >  1:5501102/1‑99 (MQ=255)                                                             tgctGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGaa      >  1:570671/1‑100 (MQ=255)                                                             tgctGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGaa      >  1:1257792/1‑100 (MQ=255)                                                              gctGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAAGATCGGaag     >  1:4899009/1‑99 (MQ=255)                                                              gctGATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAAt     >  1:2019323/1‑100 (MQ=255)                                                                 gATCAAATTAAAATTTCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGaagatc  >  1:4371707/1‑96 (MQ=255)                                                                               |                                                                                      ATTTCTATTTAAGGTGGTAATTGTCTTGGCAATGACAGAGCAACAAAAATTTAAAGTGCTTGCTGATCAAATTAAAATATCAAATCAATTAGATGCTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTC  >  NC_007793/1269464‑1269627

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑