| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007790 | 1,376 | G→A | intergenic (+380/‑203) | SAUSA300_RS14705 → / → SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,376 | 0 | G | A | 83.9% | 75.9 / 7.3 | 31 | intergenic (+380/‑203) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (4/22); minor base T (4/1); total (8/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.81e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
AATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑GT‑TAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTAT > NC_007790/1287‑1472 | aaTTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTg < 1:2406676/100‑1 (MQ=255) aaCGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑GT‑CTAAAAA‑TAGTTATTGTTTTTGCTCAAATTtttgtttt > 1:2588190/1‑99 (MQ=255) acaggggAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTtttgttt > 1:2289694/6‑100 (MQ=255) ccggggAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTtttgtttg > 1:5939659/5‑100 (MQ=255) gCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGc < 1:3617246/100‑1 (MQ=255) cTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCt < 1:3639112/100‑1 (MQ=255) tAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCtg < 1:3861449/100‑2 (MQ=255) tAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTc < 1:4484414/100‑1 (MQ=255) ttaaaTTTGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATAtta < 1:5619554/97‑2 (MQ=255) aaTTTGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCg < 1:4073232/100‑1 (MQ=255) tttGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCGCTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtt < 1:1144220/100‑1 (MQ=255) tttGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtt < 1:4644747/100‑1 (MQ=255) cagCATGTAAATGGGCAGT‑GT‑CTAAAAA‑TAGTTATTGTTTTTGCTCAAATTTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa > 1:2404927/3‑100 (MQ=255) tGCATGTAAATGGGCAGTATT‑TAAAAAATTAGTCACTGATTTTGTTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtttt < 1:1420309/100‑1 (MQ=255) tGCATGTAAATGGGCAGT‑GT‑CTAAAAA‑TAGTTATTGTTTTTGCTCAAATTTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTaa > 1:2720352/1‑100 (MQ=255) tGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGACATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtttt < 1:5005935/100‑1 (MQ=255) tGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtttt > 1:2602478/1‑100 (MQ=255) tGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtttt > 1:1253700/1‑100 (MQ=255) tGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtttt < 1:4580945/100‑1 (MQ=255) tGCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCCGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGtttt < 1:270719/100‑1 (MQ=255) gCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa < 1:1104449/100‑1 (MQ=255) gCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa < 1:4020880/100‑1 (MQ=255) gCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa < 1:3108343/100‑1 (MQ=255) gCATGTAAATGGGCAGT‑ATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTa < 1:2717283/100‑1 (MQ=255) caTGGGCAGT‑GT‑CTAAAAA‑TAGTTATTGTTTTTGCTCAAATTTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAAAGcatat > 1:5651500/2‑96 (MQ=255) ggcagtatctAAAAGATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGACTGtat < 1:3654012/91‑1 (MQ=255) ggcagtatctAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGACTGtat < 1:4492616/91‑1 (MQ=255) ggcagtatctAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGACTGtat < 1:5244403/91‑1 (MQ=255) tatctAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGACTGtatagggt < 1:4701949/96‑5 (MQ=255) tgtctaaaaATAGTTATTGTTTTTGCTCAAATTTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAAAGCATATATAAGtttt < 1:3492849/95‑1 (MQ=255) cTGATTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGACTGTATAGATTTTTAAGTACAAAACCtag < 1:2285133/100‑2 (MQ=255) | AATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGT‑GT‑TAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTAT > NC_007790/1287‑1472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |