Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007790	1,303	T→G	intergenic (+307/‑276)	SAUSA300_RS14705 → / → SAUSA300_RS14710	replication protein/membrane protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007790	1,303	0	T	G	100.0%	41.7 / NA	16	intergenic (+307/‑276)	SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710	replication protein/membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (4/12);  total (4/12)

ATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑TAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTG  >  NC_007790/1254‑1397                                                  |                                                                                                 tgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCa                                              >  1:3865188/3‑100 (MQ=255)  ttctaagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGc                                               <  1:1058667/93‑1 (MQ=255)  ttctaagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGc                                               <  1:3773216/93‑1 (MQ=255)  ttctaagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGc                                               <  1:5884527/93‑1 (MQ=255)   ccttgATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAAGGGGCAga                                            >  1:63999/5‑99 (MQ=255)     taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt                                            <  1:3292936/96‑1 (MQ=255)     taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt                                            <  1:5848628/96‑1 (MQ=255)     taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt                                            <  1:5951224/96‑1 (MQ=255)     taagtttttGATAAGAAAAGCCCGGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt                                            <  1:3021174/96‑1 (MQ=255)     taagttttaGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt                                            <  1:4753754/96‑1 (MQ=255)      tgATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATggtgcagatc                                         >  1:4254038/2‑92 (MQ=255)      aagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgta                                           <  1:3324491/97‑2 (MQ=255)       agtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgtat                                          <  1:2243612/98‑3 (MQ=255)                         cccTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATCTAAAAAATTAGTCACTg                        <  1:4204140/100‑1 (MQ=255)                                  aaTTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTg               <  1:2406676/100‑1 (MQ=255)                                            aaCGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑CTAAAAA‑TAGTTATTGTTTTTGCTCAAATTtttgtttt  >  1:2588190/1‑99 (MQ=255)                                                  |                                                                                                 ATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑TAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTG  >  NC_007790/1254‑1397

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑