| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,317 | 0 | G | T | 77.8% | 34.1 / 5.2 | 18 | intergenic (+321/‑262) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (2/12); minor base A (4/0); total (6/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
ATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑TAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTG > NC_007790/1254‑1397 | tgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCa > 1:3865188/3‑100 (MQ=255) ttctaagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:1058667/93‑1 (MQ=255) ttctaagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:5884527/93‑1 (MQ=255) ttctaagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGc < 1:3773216/93‑1 (MQ=255) ccttgATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAAGGGGCAga > 1:63999/5‑99 (MQ=255) taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:3292936/96‑1 (MQ=255) taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:5848628/96‑1 (MQ=255) taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:5951224/96‑1 (MQ=255) taagtttttGATAAGAAAAGCCCGGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:3021174/96‑1 (MQ=255) taagttttaGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:4753754/96‑1 (MQ=255) tgATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATggtgcagatc > 1:4254038/2‑92 (MQ=255) aagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgta < 1:3324491/97‑2 (MQ=255) agtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgtat < 1:2243612/98‑3 (MQ=255) cccTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATCTAAAAAATTAGTCACTg < 1:4204140/100‑1 (MQ=255) aaTTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTg < 1:2406676/100‑1 (MQ=255) aaCGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑CTAAAAA‑TAGTTATTGTTTTTGCTCAAATTtttgtttt > 1:2588190/1‑99 (MQ=255) acaggggAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTtttgttt > 1:2289694/6‑100 (MQ=255) ccggggAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATCTAAAAAATTAGTCACTGATTTTGCTGAAATTtttgtttg > 1:5939659/5‑100 (MQ=255) | ATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑TAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTG > NC_007790/1254‑1397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |