| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,600,577 | G→T | intergenic (‑139/+728) | SAUSA300_RS13365 ← / ← SAUSA300_RS13370 | diaminopimelate epimerase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,600,577 | 0 | G | T | 98.9% | 275.5 / ‑4.6 | 90 | intergenic (‑139/+728) | SAUSA300_RS13365/SAUSA300_RS13370 | diaminopimelate epimerase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (6/83); total (6/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
TTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTAGTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTT > NC_007793/2600479‑2600673 | ttAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCtagg < 1:1537716/100‑2 (MQ=255) tAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCtaggg < 1:1361232/100‑3 (MQ=255) ctctTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCt < 1:396217/100‑1 (MQ=25) ctctTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCt < 1:3888700/100‑1 (MQ=25) ttATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGcggtg < 1:4477538/100‑5 (MQ=255) cAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCa < 1:992227/100‑1 (MQ=255) 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1:1191942/100‑1 (MQ=255) tCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAg < 1:4306383/100‑1 (MQ=255) tCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAg < 1:2851816/100‑1 (MQ=255) cgatctAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATAAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAg < 1:3886843/97‑1 (MQ=255) cgatctaaCCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAgt < 1:19141/94‑1 (MQ=255) ccTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGACCCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAgt < 1:1537388/100‑1 (MQ=255) ccTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAgt < 1:2453557/100‑1 (MQ=255) ccTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTATTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAgt < 1:2301604/100‑1 (MQ=255) 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1:2729568/100‑1 (MQ=255) gCTCTATCTAGTAGGTAAGTCATGCCAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTa < 1:3605030/100‑1 (MQ=255) ctctATCTATTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGtcg < 1:5003334/100‑3 (MQ=255) ctaTTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAAtttttt < 1:4814766/100‑1 (MQ=255) | TTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCTCTATCTAGTAGGTAAGTCATGCTAATTCGCAAAAGCGAAAACCATGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAGCAACTGTATTCCTCTAAAACTGTAATTTTTT > NC_007793/2600479‑2600673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |