Predicted mutation
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RA	NC_007793	2,320,766	T→C	intergenic (‑93/+82)	SAUSA300_RS11815 ← / ← SAUSA300_RS11820	hypothetical protein/glycine/betaine ABC transporter permease

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	2,320,766	0	T	C	98.4%	181.0 / ‑4.5	63	intergenic (‑93/+82)	SAUSA300_RS11815/SAUSA300_RS11820	hypothetical protein/glycine/betaine ABC transporter permease
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/1);  new base C (3/59);  total (3/60)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.69e-01

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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑