| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 5,010 | C→G | P358A (CCT→GCT) | SAUSA300_RS00025 → | DNA recombination protein RecF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 5,010 | 0 | C | G | 99.7% | 1064.4 / NA | 350 | P358A (CCT→GCT) | SAUSA300_RS00025 | DNA recombination protein RecF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (341/8); minor base T (0/1); total (341/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
CAAACGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACCCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGATGTAAACAACACGGATAATTATGGTG > NC_007793/4917‑5106 | cAAACGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAAt > 1:5396610/1‑100 (MQ=255)cAAACGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAAt > 1:2722227/1‑100 (MQ=255)cAAACGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAAt > 1:3201729/1‑100 (MQ=255) aaaCGCATTTATTAAGTATGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGGCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAAtt > 1:4556328/1‑100 (MQ=255) aaCGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAGTTg > 1:1452915/1‑100 (MQ=255) aaCGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTg > 1:3496307/1‑100 (MQ=255) aaCGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTg > 1:3767992/1‑100 (MQ=255) aaCGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGCCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTg > 1:1739906/1‑100 (MQ=255) gcGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGt > 1:426574/2‑100 (MQ=255) taGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAAt > 1:4925619/2‑100 (MQ=255) aaGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAAt > 1:3943539/1‑100 (MQ=255) aaGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAAt > 1:2290218/1‑100 (MQ=255) aCGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAg > 1:3714805/1‑100 (MQ=255) caTTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGt > 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1:4805948/1‑100 (MQ=255) cAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGaaa > 1:2869770/1‑100 (MQ=255) cAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGaaa > 1:4766992/1‑100 (MQ=255) cAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGaaa > 1:3701159/1‑100 (MQ=255) cAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGaaa > 1:4628366/1‑100 (MQ=255) cAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGaaa > 1:330959/1‑100 (MQ=255) cAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGaaa > 1:1587706/1‑100 (MQ=255) cAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGaaa > 1:2404150/1‑100 (MQ=255) 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1:2618464/1‑100 (MQ=255) aGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCa > 1:4959830/1‑100 (MQ=255) aGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCa > 1:2965375/1‑100 (MQ=255) aGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCa > 1:4737566/1‑100 (MQ=255) gATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGctagatcgg > 1:3581918/1‑92 (MQ=255) aaTGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAg > 1:2233249/2‑100 (MQ=255) ctGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGa > 1:1021245/2‑100 (MQ=255) ggTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGATg > 1:2586443/1‑100 (MQ=255) ggTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGATg > 1:2644006/1‑100 (MQ=255) ggTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGATg > 1:5075263/1‑100 (MQ=255) ggTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGATg > 1:4187952/1‑100 (MQ=255) aaCGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGATGTAAACAACACGGATAATTATGGTg > 1:2155509/1‑100 (MQ=255) | CAAACGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACCCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGATGTAAACAACACGGATAATTATGGTG > NC_007793/4917‑5106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |