Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_007793 1,215,913 T→C Y306H (TAT→CAT)  SAUSA300_RS06010 → 16S rRNA (cytosine(967)‑C(5))‑methyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0077931,215,9130TC100.0% 158.5 / NA 56Y306H (TAT→CAT) SAUSA300_RS0601016S rRNA (cytosine(967)‑C(5))‑methyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (51/5);  total (51/5)

AGGGCAAGTTGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAATATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATGAGACATAAGCCGGA  >  NC_007793/1215816‑1216004
                                                                                                 |                                                                                           
tgggCAAGTTGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAacat                                                                                           >  1:2737583/2‑100 (MQ=255)
tgggCAAGTTGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAacat                                                                                           >  1:4470637/2‑100 (MQ=255)
 tggCAAGTTGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACatg                                                                                          >  1:432695/2‑100 (MQ=255)
 tggCAAGTTGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACatg                                                                                          >  1:2997915/2‑100 (MQ=255)
  ggCAAGTTGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACatga                                                                                         >  1:3702481/1‑100 (MQ=255)
   gCAAGTTGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACatgat                                                                                        >  1:1373899/1‑100 (MQ=255)
   gCAAGTTGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACatgat                                                                                        >  1:5516301/1‑100 (MQ=255)
        ttGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGAc                                                                                   >  1:1508804/1‑100 (MQ=255)
         tGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACa                                                                                  >  1:404099/1‑100 (MQ=255)
          gACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACaa                                                                                 >  1:2049246/1‑100 (MQ=255)
               ctCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCt                                                                            >  1:4642964/2‑100 (MQ=255)
                ccAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCtt                                                                           >  1:3995544/2‑100 (MQ=255)
                 cAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTa                                                                          >  1:2294025/1‑100 (MQ=255)
                 cAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTa                                                                          >  1:4004641/1‑100 (MQ=255)
                 cAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTa                                                                          >  1:2532006/1‑100 (MQ=255)
                 cAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTa                                                                          >  1:3881901/1‑100 (MQ=255)
                 cAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTa                                                                          >  1:1092505/1‑100 (MQ=255)
                     tataCATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGAt                                                                      >  1:940909/1‑100 (MQ=255)
                     agtaCATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGAt                                                                      >  1:1147305/3‑100 (MQ=255)
                      ataCATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATa                                                                     >  1:376466/1‑100 (MQ=255)
                        gcATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATaaa                                                                   >  1:3837882/2‑100 (MQ=255)
                        acgtGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATaaa                                                                   >  1:1314465/4‑100 (MQ=255)
                        aCATGATCACAAAATAGAGTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGGCAAGACCTTATGATaaa                                                                   >  1:4291643/1‑100 (MQ=255)
                        aCATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATaaa                                                                   >  1:2877262/1‑100 (MQ=255)
                        aCATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATaaa                                                                   >  1:4446358/1‑100 (MQ=255)
                        aCATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATaaa                                                                   >  1:44078/1‑100 (MQ=255)
                        aCATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATaaa                                                                   >  1:2743018/1‑100 (MQ=255)
                        aCATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATaaa                                                                   >  1:2261958/1‑100 (MQ=255)
                           tGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCACCATGATGCGACAAAACCTTATGCTAAAACa                                                                >  1:3942803/1‑100 (MQ=255)
                           tGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGGTAAAACa                                                                >  1:5232545/1‑100 (MQ=255)
                            gATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACAt                                                               >  1:999479/1‑100 (MQ=255)
                            gATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACAt                                                               >  1:5056372/1‑100 (MQ=255)
                            gATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACAt                                                               >  1:679750/1‑100 (MQ=255)
                            gATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACAt                                                               >  1:804161/1‑100 (MQ=255)
                            caTCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACAt                                                               >  1:4952993/2‑100 (MQ=255)
                               cacaAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACg                                                            >  1:2369923/1‑100 (MQ=255)
                               cacaAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACg                                                            >  1:590601/1‑100 (MQ=255)
                               cacaAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACg                                                            >  1:3931663/1‑100 (MQ=255)
                               cacaAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACg                                                            >  1:2839988/1‑100 (MQ=255)
                                 caAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGAt                                                          >  1:5253587/1‑100 (MQ=255)
                                  aaaaTAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATa                                                         <  1:5032635/100‑1 (MQ=255)
                                   gcaTAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATaa                                                        >  1:3792905/3‑100 (MQ=255)
                                   aaaTAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATaa                                                        >  1:4315297/1‑100 (MQ=255)
                                   aaaTAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATaa                                                        >  1:1876440/1‑100 (MQ=255)
                                       aGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATAATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATa                                                    >  1:3811023/1‑100 (MQ=255)
                                             aattaattTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACttgtt                                              <  1:5164498/100‑1 (MQ=255)
                                                                   atACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCACGTAGCAGAtcgg                        >  1:1431585/2‑97 (MQ=255)
                                                                     aCGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGgt                      >  1:4434060/1‑100 (MQ=255)
                                                                     aCGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGgt                      >  1:4550972/1‑100 (MQ=255)
                                                                     aCGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGgt                      >  1:4239069/1‑100 (MQ=255)
                                                                           aaCAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATg                >  1:5220180/1‑100 (MQ=255)
                                                                           aaCAAATATTAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATg                <  1:1275361/100‑1 (MQ=255)
                                                                                    tAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATGAGACATAAg       >  1:300438/1‑100 (MQ=255)
                                                                                    tAAAGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATGAGACATAAg       >  1:2150090/1‑100 (MQ=255)
                                                                                     caaGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATGAGACATAAGc      >  1:3220187/2‑100 (MQ=255)
                                                                                     aaaGCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATGAGACATAAgt      >  1:4378462/1‑99 (MQ=255)
                                                                                        gCTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATTATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATGAGACATATGCCgg   <  1:4563661/100‑1 (MQ=255)
                                                                                         cTTTTCAACATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATGAGACATAAGCCggg  <  1:5397906/100‑2 (MQ=255)
                                                                                                 |                                                                                           
AGGGCAAGTTGACGCTTCAGATATACATGATCACAAAATAGACTTAATTAATTTTAATATAAAAAAATTACGATTAACAAATATTAAAGCTTTTCAATATGATGCGACAAAACCTTATGATAAAACATACGATAAGATACTTGTTGATGCACCATGTAGCGGATTAGGTGTAATGAGACATAAGCCGGA  >  NC_007793/1215816‑1216004

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑