| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 854,667 | C→T | intergenic (+298/‑476) | SAUSA300_RS04125 → / → SAUSA300_RS04130 | SsrA‑binding protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 854,667 | 0 | C | T | 99.7% | 18697.4 / NA | 6102 | intergenic (+298/‑476) | SAUSA300_RS04125/SAUSA300_RS04130 | SsrA‑binding protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/0); new base T (6046/35); total (6067/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 6169 total aligned reads displayed.
AATTTCGCAGTAGCTGCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGCCGTTTGAAGTCTGTTTAGAAGAAACTTAATCAAACTAGCATCATGTTGGTTGTTTATCACTTTTCATGATGCGAAACCTATCGATAAACTACACAC > NC_007793/854568‑854763 | cGCAGTAGCTGCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGttt > 1:2836324/1‑100 (MQ=255) tgTAGCTACCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGaa > 1:4905642/2‑100 (MQ=255) caGCTGCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGt > 1:1167501/2‑100 (MQ=255) tgCTGCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTc > 1:617293/2‑100 (MQ=255) tgCTGCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTc > 1:5517017/2‑100 (MQ=255) cgCTGCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTc > 1:2040239/2‑100 (MQ=255) 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gCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTCTGtt > 1:4141973/1‑100 (MQ=255) gCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTCTGtt > 1:314621/1‑100 (MQ=255) gCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTCTGtt > 1:4041463/1‑100 (MQ=255) gCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTCTGtt > 1:3355985/1‑100 (MQ=255) gCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTCTGtt > 1:4326816/1‑100 (MQ=255) gCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTCTGtt > 1:4603141/1‑100 (MQ=255) gCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTCTGtt > 1:2877285/1‑100 (MQ=255) gCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGTCGTTTGAAGTCTGtt > 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aaaCACTGTCGTTTGAAGTCTGTTTAGAAGAAACTTAATCAAACTAGCATCATGTTGGTTGTTTATCACTTTTCATGATGCGAAACCTATCGATAAACTa > 1:5469187/1‑100 (MQ=255) aaaCACTGTCGTTTGAAGTCTGTTTAGAAGAAACTTAATCAAACTAGCATCATGTTGGTTGTTTATCACTTTTCATGATGCGAAACCTATCGATAAACTa > 1:1316122/1‑100 (MQ=255) aaaCACTGTCGTTTGAAGTCTGTTTAGAAGAAACTTAATCAAACTAGCATCATGTTGGTTGTTTATCACTTTTCATGATGCGAAACCTATCGATAAACTa > 1:769124/1‑100 (MQ=255) cacTGTCGTTTGAAGTCTGTTTAGAAGAAACTTAATCAAACTAGCATCATGTTGGTTGTTTATCACTTTTCATGATGCGAAACCTATCGATAAACTacac < 1:1751915/100‑1 (MQ=255) | AATTTCGCAGTAGCTGCCTAATCGCACTCTGCATCGCCTAACAGCATTTCCTATGTGCTGTTAACGCGATTCAACCTTAATAGGATATGCTAAACACTGCCGTTTGAAGTCTGTTTAGAAGAAACTTAATCAAACTAGCATCATGTTGGTTGTTTATCACTTTTCATGATGCGAAACCTATCGATAAACTACACAC > NC_007793/854568‑854763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |