| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 546,884 | A→G | T73A (ACT→GCT) | SAUSA300_RS02620 → | hypoxanthine‑guanine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 546,884 | 0 | A | G | 99.3% | 417.0 / ‑4.9 | 148 | T73A (ACT→GCT) | SAUSA300_RS02620 | hypoxanthine‑guanine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (142/5); total (143/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TAAAAGGCTCAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCACTGAGTCAACTGGTGAAGTTCAAATCATTAAAGATTTAGGTTCTTCTATTGAAAATAAAGACGTATTAATTATTGAAGATATCTTAGAGACTGGTA > NC_007793/546789‑546980 | tAAAATGCTCAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGa > 1:1349016/1‑100 (MQ=255)tAAAAGGCTCAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGa > 1:931039/1‑100 (MQ=255)tAAAAGGCTCAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGa > 1:3272817/1‑100 (MQ=255)tAAAAGGCTCAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGa > 1:323145/1‑100 (MQ=255)tAAAAGGCTCAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGa > 1:3024577/1‑100 (MQ=255)tAAAAGGCTCAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGa > 1:3828325/1‑100 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> 1:4151547/1‑100 (MQ=255) gcAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGAGTCAACTg > 1:3744206/2‑100 (MQ=255) taGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAATTATCACGGAGGCGCTGAGTCAACTgg > 1:1220936/2‑100 (MQ=255) cAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGAGTCAACTgg > 1:2201458/1‑100 (MQ=255) cAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGAGTCAACTgg > 1:3626691/1‑100 (MQ=255) gCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGAGTCAACTGGTg > 1:4375085/1‑100 (MQ=255) ccaTGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGAGTCAACTGGTGa > 1:341781/3‑100 (MQ=255) cAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCGCTGAGTCAACTGGTGa < 1:1350914/100‑1 (MQ=255) 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ggCGCTGAGTCAACTGGTGAAGTTCAAATCATTAAAGATTTAGGTTCTTCTATTGAAAATAAAGACGTATTAATTATTGAAGATATCTTAGAGACTGGta > 1:4976306/1‑100 (MQ=255) ggCGCTGAGTCAACTGGTGAAGTTCAAATCATTAAAGATTTAGGTTCTTCTATTGAAAATAAAGACGTATTAATTATTGAAGATATCTTAGAGACTGGta > 1:2206054/1‑100 (MQ=255) ggCGCTGAGTCAACTGGTGAAGTTCAAATCATTAAAGATTTAGGTTCTTCTATTGAAAATAAAGACGTATTAATTATTGAAGATATCTTAGAGACTGGta > 1:5056887/1‑100 (MQ=255) ggCGCTGAGTCAACTGGTGAAGTTCAAATCATTAAAGATTTAGGTTCTTCTATTGAAAATAAAGACGTATTAATTATTGAAGATATCTTAGAGACTGGta > 1:3359527/1‑100 (MQ=255) | TAAAAGGCTCAGCAATGTTTATGTCAGATTTAATTAAACGAATTGATACCCATTTATCAATTGATTTCATGGATGTTTCTAGTTATCACGGAGGCACTGAGTCAACTGGTGAAGTTCAAATCATTAAAGATTTAGGTTCTTCTATTGAAAATAAAGACGTATTAATTATTGAAGATATCTTAGAGACTGGTA > NC_007793/546789‑546980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |