| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,609,097 | 0 | A | G | 63.3% | 253.1 / 314.3 | 407 | L141L (TTA→TTG) | SAUSA300_RS07945 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (148/1); new base G (257/0); total (406/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.75e-21 | |||||||||||
Only 100 of 437 total aligned reads displayed.
CCTATTCAAGCCTCTACTAAAAAAGATGAATTACAAATTCAAGAGCGATTATATATCAAATTATCAACTACTGAGAGAGCACCTTATCCA‑T‑A‑C‑AGATTAGAAGAGACAGATGATATTTCATTGGTTGGATATGCACGATTTATAGACACTAAGTATTTGTCACATCCTTTTAATGTTCCGGATTTTTTAGA > NC_007793/1608999‑1609189 | ccTATTCAAGCCTCTACTAAAAAAGATGAATTACAAATTCAAGAGCGATTATATATCAAATTATCAACTACTGAGAGAGCACCTTATCCA‑T‑A‑C‑AGATTag > 1:2074028/1‑100 (MQ=255) aTTCAAGCCTCTACTAAAAAAGATGAATTACAAATTCAAGAGCGATTATATATCAAATTATCAACTACTGAGAGAGCACCTTATCCA‑T‑A‑C‑AGATTagaag > 1:2955239/1‑100 (MQ=255) aTTCAAGCCTCTACTAAAAAAGATGAATTACAAATTCAAGAGCGATTATATATCAAATTATCAACTACTGAGAGAGCACCTTATCCA‑T‑A‑C‑AGATCggaag > 1:2585000/1‑100 (MQ=255) tCAAGCCTCTACTAAAAAAGATGAATTACAAATTCAAGAGCGATTATATATCAAATTATCAACTACTGAGAGAGCACCTTATTCA‑G‑A‑C‑AGATCGGAagag > 1:234894/1‑100 (MQ=255) tCAAGCCTCTACTAAAAAAGATGAATTACAAATTCAAGAGCGATTATATATCAAATTATCAACTACTGAGAGAGCACCTTATCCA‑TAA‑C‑AGATCggaaga > 1:1028442/1‑100 (MQ=255) tCAAGCCTCTACTAAAAAAGATGAATTACAAATTCAAGAGCGATTATATATCAAATTATCAACTACTGAGAGAGCACCTTATCCA‑T‑A‑C‑AGATTCGAagag > 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a‑C‑AGATTAGAAGAGACAGATGATATTTCATTGGTTGGATATGCACGATTTATAGACACTAAGTATTTGTCACATCCTTTTAATGTTCCGGAttagatcgg > 1:16622/1‑93 (MQ=255) a‑C‑AGATTAGAAGAGACAGATGATATTTCATTGGTTGGATATGCACGATTTATAGACACTAAGTATTTGTCACATCCTTTTAATGTTCCGGAtagatcgga > 1:1767893/1‑92 (MQ=255) a‑C‑AGATTAGAAGAGACAGATGATATTTCATTGGTTGGATATGCACGATTTATAGACACTAAGTATTTGTCACATCCTTTTAACGTTCCAGAtcggaagag > 1:1622468/1‑92 (MQ=255) | CCTATTCAAGCCTCTACTAAAAAAGATGAATTACAAATTCAAGAGCGATTATATATCAAATTATCAACTACTGAGAGAGCACCTTATCCA‑T‑A‑C‑AGATTAGAAGAGACAGATGATATTTCATTGGTTGGATATGCACGATTTATAGACACTAAGTATTTGTCACATCCTTTTAATGTTCCGGATTTTTTAGA > NC_007793/1608999‑1609189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |