| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,623,599 | 2 bp→CT | intergenic (‑105/+1316) | SAUSA300_RS13500 ← / ← SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,623,599 | 0 | T | C | 94.3% | 588.9 / 14.0 | 246 | intergenic (‑105/+1317) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/13); new base C (5/226); total (6/240) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.81e-01 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 2,623,600 | 0 | C | T | 93.9% | 635.8 / 9.3 | 246 | intergenic (‑106/+1316) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/14); new base T (5/226); total (6/240) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
ATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTTGTGATTTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTA > NC_007793/2623510‑2623685 || ttccgatctgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCg < 1:2252217/90‑1 (MQ=255)gttCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCg < 1:305972/99‑1 (MQ=255)gttCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCg < 1:2110634/99‑1 (MQ=255) ttCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGa < 1:1418462/100‑1 (MQ=255) ttCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCAccta < 1:5471932/100‑3 (MQ=255) ttCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGa < 1:2740586/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |