| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,623,546 | 4 bp→ACCG | intergenic (‑52/+1367) | SAUSA300_RS13500 ← / ← SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,623,546 | 0 | T | A | 92.0% | 1132.3 / 50.2 | 425 | intergenic (‑52/+1370) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/31); new base A (7/383); total (10/415) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-05 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 2,623,547 | 0 | T | C | 92.5% | 935.0 / 39.2 | 425 | intergenic (‑53/+1369) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/29); new base C (7/386); total (10/415) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-05 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 2,623,548 | 0 | G | C | 92.2% | 1040.9 / 60.1 | 426 | intergenic (‑54/+1368) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/30); new base C (7/386); total (10/416) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.62e-04 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 2,623,549 | 0 | A | G | 92.0% | 955.2 / 44.2 | 426 | intergenic (‑55/+1367) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/31); new base G (7/385); total (10/416) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
GTCCGTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGAT‑ATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTTGTGAT > NC_007793/2623455‑2623644 |||| gtgtTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGt < 1:6101237/100‑1 (MQ=255) atcCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTCGGTAAGATCGGaagagca > 1:2735537/1‑94 (MQ=38) gtgttaccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATg < 1:4172932/93‑1 (MQ=255) gtgttaccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATg < 1:800849/93‑1 (MQ=255) taccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCt > 1:4271044/4‑100 (MQ=255) taccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCt < 1:6044347/97‑1 (MQ=255) 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1:2393108/99‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGGTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTg < 1:6467723/99‑1 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgt < 1:478521/100‑2 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgt < 1:3363631/100‑2 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgg < 1:327607/100‑2 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgg < 1:211074/100‑2 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgtg < 1:5107141/100‑3 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgtg < 1:1086701/100‑3 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgtg < 1:4671697/100‑3 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTGCTTCTTCTGTACCATCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTgg < 1:6201759/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgtgc < 1:4875083/100‑4 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTgg < 1:4476266/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTgg < 1:3593524/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTgg < 1:1323775/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTTCTTCTTCTGTGCCGACAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgtagt < 1:6241628/100‑5 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |