| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,318 | 2 bp→AC | coding (240‑241/1353 nt) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,318 | 0 | G | A | 88.6% | 1212.5 / 78.8 | 528 | L81F (CTT→TTT) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/40); new base A (3/464); total (23/505) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.54e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 1,101,319 | 0 | T | C | 88.8% | 1155.5 / 85.4 | 528 | L80L (TTA→TTG) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/40); new base C (4/465); total (23/505) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 528 total aligned reads displayed.
AAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATCCAGTTTCCGGGATCC > NC_007793/1101223‑1101415 || cgatctggTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATa < 1:2810051/94‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:3833604/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:4098020/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:1188852/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:26552/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:4369157/90‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |