| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,244 | 3 bp→ATT | coding (313‑315/1353 nt) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,244 | 0 | T | A | 85.6% | 3017.3 / inf | 1267 | S105S (TCA→TCT) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/180); new base A (7/1076); total (9/1258) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 1,101,245 | 0 | G | T | 86.3% | 3035.5 / inf | 1268 | S105* (TCA→TAA) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/170); new base T (7/1080); total (10/1258) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 1,101,246 | 0 | A | T | 86.6% | 2935.6 / inf | 1265 | S105T (TCA→ACA) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/167); new base T (7/1087); total (10/1255) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1268 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |