| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,241 | 2 bp→CT | coding (317‑318/1353 nt) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,241 | 0 | T | C | 86.1% | 2579.7 / 267.8 | 1267 | R106R (AGA→AGG) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/173); new base C (7/1074); total (9/1258) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 1,101,242 | 0 | C | T | 85.9% | 2508.8 / 277.8 | 1267 | R106K (AGA→AAA) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/176); new base T (7/1080); total (9/1258) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1267 total aligned reads displayed.
AGATTAAGAGCAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTG > NC_007793/1101149‑1101338 || agaTTAAGAGCAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGata < 1:5566618/100‑1 (MQ=255) aTAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCgtg < 1:3397424/100‑1 (MQ=255) aTAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCgtg < 1:657612/100‑1 (MQ=255) tAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCgtgt < 1:4663782/100‑1 (MQ=255) aGCGCTGCCTATAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACgtgtg < 1:1047705/100‑2 (MQ=255) aGCGCTGCCTATAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACGTGTc < 1:4454881/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |